奥密克戎也内卷，BA.2变体迅速取代BA.1变体，BA.2到底是什么玩意儿？
2022-01-18 MedSci原创 MedSci原创
新冠病毒奥密克戎已经占领全世界，Delta快速消退。
新冠病毒奥密克戎已经占领全世界，Delta快速消退。
然而，奥密克戎也开始内卷了！奥密克戎本身也从BA.1迅速向BA.2变化。
BA.2与BA.1相比，其突变更多，但是，BA.2将如何，还不清楚。
根据各国上传到GISAID平台的新冠病毒基因组数据，12月中旬前，BA.2变体还非常罕见，但此后数量迅速上升。在丹麦，从12月30日至1月2日，BA.2变体占该国上传新冠病毒样本总数的比例从14.1%增长到30%，而BA.1变体占比则从76.6%下降到65.1%；
看看丹麦，日增超过2万例，而且中间有两次快速下降，然后又上升的过程。这是否是BA.1向BA.2转化的点？
在印度，由于印度出现奥密克戎较迟，因此，BA.2占比相对更高，从12月30日到1月5日，BA.2占比从12.1%上升到46.38%，BA.1变体占比则从58%下降到37.68%。
此外，英国、菲律宾、加拿大、德国等全球数十个国家均已发现BA.2变体的存在。
根据我国广东省疾病控制预防中心研究人员1月3日发表在《中国疾控周刊》上的相关文章，全球最早的BA.2变体样本于2021年11月27日在南非发现，12月28日，广东省疾控中心发现一名境外输入病例感染了BA.2变体，基因测序分析认为，该变体有67个核苷酸变异位点，在蛋白质水平上有49个氨基酸突变位点和9个氨基酸缺失。而BA.1变体蛋白质水平上共有约50处变异，相对BA.2变体略少。
奥密克戎家族
奥密克戎，也称为B.1.1.529，有三个变体，分别是BA.1, BA.2, BA.3，拥有共同的祖先。它们有什么区别呢？
B.1.1.529簇，包括BA.1和BA.2，共有85个突变，其中40个突变仅在刺突蛋白中。 虽然已经在 BA.1 的刺突蛋白中发现了 12 个突变，但 BA.2 亚谱系在刺突蛋白中具有 7 个独特的突变。 BA.1 和 BA.2 共有 21 个刺突蛋白突变。另外，BA.1和BA.3上的刺突蛋白（S蛋白）有69-70删除突变，但是BA.2没有这个突变。
是的，最近发现的新亚谱系无法通过 RT-PCR 测试中使用的引物进行识别。虽然 BA.1 亚谱系带有特征性的 S 基因丢失突变，但 BA.2 没有这种突变。
目前在 RT-PCR 测试中使用的引物携带靶向三个基因的序列，其中一个是 S 基因。由于 BA.1 亚谱系携带 S 基因缺失突变，因此当 BA.1 样本通过 RT-PCR 测试时，引物中的三个靶标中只有两个会变为阳性。由于存在 S 基因缺失突变，引物中的 S 基因检测不呈阳性。对两个基因呈阳性但对 S 基因不呈阳性的测试是了解测试样品是 Omicron 变体的亚谱系 BA.1 的便捷方式。因此，有时也称BA.2为隐形毒株，即有一些核酸检测时，检测不出这个病毒。
简而言之，S 基因丢失是识别 BA.1 亚谱系的代表。 由于 BA.2 不携带 S 基因丢失突变，因此 RT-PCR 引物中的所有三个目标序列都将检测为阳性。因此，不可能直接知道测试的样本是否是 Omicron 变体的子谱系。只有通过基因组测序才能确定样本是否属于 BA.2 亚谱系。
BA.2的刺突蛋白中的另外七个突变，代表毒性增加吗？并不能！目前还没有足够的证据来证明免疫逃逸和传播能力的增加。 即使单独地，这七种突变也没有与显着的免疫逃逸或增强的传播有关。 到目前为止，这七种突变的综合影响也不为人所知。
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好文章，受教了。
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