Geno Biol：新方法有助找到与癌症相关的病原体
2019-10-28 张家伟 新华社
英国东英吉利大学近日表示，该校研究人员领衔的团队发明了一种病原体检测新方法，可更有效找到那些与癌症相关的病原体，未来有望开发出更好的癌症诊治方法甚至相关疫苗。
英国东英吉利大学近日表示，该校研究人员领衔的团队发明了一种病原体检测新方法，可更有效找到那些与癌症相关的病原体，未来有望开发出更好的癌症诊治方法甚至相关疫苗。
此前的研究显示，一些癌症与传染性病原体相关，例如幽门螺杆菌和人乳头瘤病毒分别与胃癌和宫颈癌相关。
该研究团队对目前基因组序列数据中细菌和病毒检测的计算方法进行了基准化分析，并综合最好的计算模块，发明了一种名为SEPATH的病原体检测方法。研究人员利用这一方法对真实的肿瘤样本进行检测，除了已知的相关病原体外，又发现了一些新的病原体。
报告作者之一、该校的丹·布鲁尔博士说，当对肿瘤样本进行全基因组测序时，其中存在的病原体DNA（脱氧核糖核酸）也会被测序，这使得研究人员能够检测并量化这些病原体，帮助研究人员找到病原体与不同癌症之间的联系。
相关结果刊登在最新一期英国《基因组生物学》杂志上。
原始出处：
Abraham Gihawi, Ghanasyam Rallapalli, Rachel Hurst, et.al. SEPATH: benchmarking the search for pathogens in human tissue whole genome sequence data leads to template pipelines. Genome Biology 22 October 2019
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