NATURE：薛愿超团队开发RNA-RNA空间相互作用的原位全景分析技术
2020-05-07 MedSci原创 MedSci原创
最近，通过将RNA结合蛋白介导的近距离连接与深度测序相结合，我国研究人员报告了一种RNA原位构象测序（RIC-seq）技术，可以用于全细胞RNA-RNA分子内和分子间相互作用的全局性分析。
具有高级结构的RNA分子通常会相互作用，并与各种RNA结合蛋白结合，以调节关键的生物过程。然而，至今为止，完整细胞中的RNA结构和相互作用在很大程度上仍然是未知的。
最近，通过将RNA结合蛋白介导的近距离连接与深度测序相结合，我国研究人员报告了一种RNA原位构象测序（RIC-seq）技术，可以用于全细胞RNA-RNA分子内和分子间相互作用的全局性分析。
该技术不仅重述了已知的RNA二级结构和三级相互作用，而且还促进了人体细胞中RNA三维（3D）相互作用图谱的生成。
利用这些图谱，研究人员在全细胞范围内识别非编码RNA靶点，并辨别出RNA拓扑域和反式相互作用枢纽。此外，研究人员还发现，增强子和启动子的功能连接性可以利用它们配对相互作用的RNA来分配。
此外，研究人员表明，CCAT1-5L-a，一个超级增强子中枢RNA，与RNA结合蛋白hnRNPK以及来自MYC启动子和增强子的RNA相互作用，通过调节染色质环化来促进MYC转录。
因此，该研究证明了RIC-seq在发现RNA的三维结构、相互作用和调控作用方面的能力和适用性。
原始出处：
Zhaokui CaI et al. RIC-seq for global in situ profiling of RNA–RNA spatial interactions, NATURE (2020).
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