PeerJ：转录组分析揭示种植体周围炎和2型糖尿病相关的分子机制
2020-02-26 不详 网络
本研究旨在通过对公开可用的实验转录组数据进行生物信息学分析，探索连接种植体周围炎和2型糖尿病（T2DM）的分子机制。种植体周围炎的基因表达数据可从基因表达综合数据库下载，鉴定出种植体周围炎的整合和差异表达基因（DEG）。接下来，从DisGeNET数据库下载了与T2DM相关的经过实验验证和计算预测的基因。构建与种植体周围炎和T2DM相关基因相关的DEG的蛋白质-蛋白质相互作用网络（PPI）对，确定“
本研究旨在通过对公开可用的实验转录组数据进行生物信息学分析，探索连接种植体周围炎和2型糖尿病（T2DM）的分子机制。
种植体周围炎的基因表达数据可从基因表达综合数据库下载，鉴定出种植体周围炎的整合和差异表达基因（DEG）。接下来，从DisGeNET数据库下载了与T2DM相关的经过实验验证和计算预测的基因。构建与种植体周围炎和T2DM相关基因相关的DEG的蛋白质-蛋白质相互作用网络（PPI）对，确定“集线器”基因和重叠的DEG。功能富集分析用于鉴定重要的共享生物学过程和信号通路。对PPI网络进行了聚类和特定类别分析，以鉴定“前导”基因。合并后的PPI网络的模块网络分析确定了连接两个网络的常见或串扰基因。
结果显示，种植体周围炎和T2DM数据集之间共有92个DEG重叠。在种植体周围炎和T2DM的PPI网络中，三个中枢基因（IL-6，NFKB1和PIK3CG）重叠程度最高。三个前导基因（PSMD10，SOS1，WASF3），八个串扰基因（PSMD10，PSMD6，EIF2S1，GSTP1，DNAJC3，SEC61A1，MAPT和NME1）和一个信号传导通路（IL-17信号传导）是种植体周围炎和T2DM的连接机制。
综上所述，该研究结果表明，对可用转录组数据集的探索揭示了IL-6，NFKB1和PIK3CG的表达以及IL-17信号通路，作为种植体周围炎和T2DM之间的主要候选分子连锁机制。
原始出处：
Tianliang Yu,1 Aneesha Acharya, et al., Molecular mechanisms linking peri-implantitis and type 2 diabetes mellitus revealed by transcriptomic analysis. PeerJ. 2019; 7: e7124. doi: 10.7717/peerj.7124
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机制研究离临床仍然有距离，不过与临床结合思考，仍然有帮助的，不能仅仅是纯临床思维，转化思维同样重要
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