InnateDB：不只是一个先天免疫数据库

InnateDB数据库（https://www.innatedb.com），该数据库13年被发表在Nucleic Acids Research 上(IF:11.561)，InnateDB可以系统地分析哺乳动物先天免疫网络，通路和基因。先天免疫反应是免疫的关键分支，它不仅提供了抵御病原体的第一道防线，而且还调节和塑造后续的适应性反应。InnateDB现在包含超过196 000例人，小鼠和牛实验验证的分子相互作用以及与所有哺乳动物细胞系统相关的3000个通路注释，并且不仅仅是免疫相关的通路和相互作用。此外，迄今为止，InnateDB团队已经手动记录了超过18 000种与先天免疫相关的分子相互作用，为先天免疫网络，通路及其分子组成的免疫研究提供了新的视野。InnateDB还开始了与过敏和哮喘相关的相互作用的研究。牛数据的整合也使InnateDB成为第一个农业重要模型生物的综合网络分析平台。

接下来让我们看下数据库有哪些功能吧：

建立一个完整的先天免疫基因列表：

除了注释分子相互作用外，InnateDB现在还注释了哪些基因在先天免疫中发挥作用，提供了该角色的简要概述以及与相关出版物的链接。该数据集可在数据库获得，目前包含超过1500个基因（957个人，527个小鼠和46个牛），并且是可用的先天免疫中涉及的最全面的基因列表。

集成来自外部资源的数据：

了补充我们的手工工作并提供超出已知先天免疫相互作用的结果，InnateDB从各种基因组，互作和通路数据库中导入（http://www.innatedb.com/resources）。目前，InnateDB除了18 000+ InnateDB手动记录的相互作用外，还包含178 000多个引入的实验验证的相互作用，3000多个通路和30万多个基于Ortholuge直系预测（interologs）的相互作用。

基于通路和网络重构集成了牛科动物的数据

2012年2月，发布了新版本的InnateDB，其中包括牛基因，通路和分子相互作用注释，以及人类和小鼠的现有数据。该平台的这个新版本现在也促进了用系统生物学方法来调查牛先天免疫反应，并有望加深我们对与重大经济损失（例如牛结核等）相关的牛传染病的理解，以及实现先天免疫的跨物种比较。

INNATEDB数据的分析以及可视化

InnateDB可以作为知识库，用户可以使用各种搜索字段搜索感兴趣的特定基因或蛋白质及其相关的相互作用和通路。或者，可以以更高通量的方式查询InnateDB，用户可以从多达10种不同条件（例如基因表达数据）上传基因/蛋白质和相关定量数据列表，并进行更复杂的搜索和分析。

在上传基因ID列表（人类，小鼠和牛Ensembl，RefSeq，Entrez Gene，UniProt和InnateDB ID都被接受）后，用户可以快速找到哪些通路，基因注释（包括增强的先天免疫基因注释）或转录因子结合站点在其数据集中的统计过度表示。用户还可以使用InnateDB构建，可视化和分析由其上传的基因及其编码产物组成的分子交互网络。例如，人们可以构建差异表达基因如何彼此相互作用的网络。用户上传的定量数据会自动覆盖在这些网络上。

网络可视化工具

InnateDB中的所有交互可以以几种标准格式下载，包括基于文本的格式（tab，csv，xls），简单交互格式（sif）以及PSI-MI XML 2.5和MITAB格式。此外，交互网络也可以在我们的中心程序中可视化，这是一个用于Cytoscape网络可视化软件的Java插件，它使用亚细胞定位信息来定位交互网络，使其更具生物学直观的通路布局。网络还可以在其他第三方软件中可视化，包括CyOog插件，该插件使用Power Graph分析通过明确表示重新出现的网络图案来降低网络复杂性。最近，我们还整合了BioLayout Express 3D 2.2，这是一个专为2D和3D空间中的大型网络的可视化，聚类和分析而设计的应用程序。

InnateDB将通过每周更新的注释来维持其用于注释与先天免疫相关的相互作用和基因的工作，从而继续为先天免疫相关反应的系统和网络生物学分析提供全面的平台。继续纳入来自外部资源的数据，包括更广泛的人类，小鼠和牛的相互作用组，也将继续促进广泛研究人员对先天免疫力的分析。此外，InnateDB计划扩展到先天免疫相关网络的范围，包含更多的自适应免疫信息。目前正在开发过敏和哮喘门户的版本，它将进一步整合来自AllerGen的文献和研究人员的过敏和相关免疫相互作用的数据。该门户网站将建立在InnateDB上，并将为更加复杂的基于网络生物学的过敏和哮喘反应调查提供分析平台。这些相互作用可以从先天免疫相互作用中识别出来，因此用户可以继续对先天免疫相互作用组进行重点分析。

数据库的主要功能就介绍到这里，对数据库感兴趣的小伙伴可以探索更多相关功能,这是小编奉上的网站链接http://www.innatedb.com，特别是做免疫相关研究的小伙伴一定不要错过。