CLIN CHEM：直接从全血进行广泛的细菌检测，鉴定和抗菌敏感性测试
2018-10-29 MedSci MedSci原创
血液中病原体检测，鉴定（ID）和抗菌药物敏感性测试（AST）所需的时间目前并不能满足急需的疾病管理。传统方法ID和AST需要多达3天。分子诊断方法可减少ID的时间，但是它们取代培养的理想情况尚未实现，因为AST仍然很慢。在此，研究人员开发了基于组合定量PCR（qPCR）的ID + AST检测方法，并发现该方法具有领先的院内细菌病原体的顺序检测，ID和AST。 该方法通过（a）去除血细胞，（b
血液中病原体检测，鉴定（ID）和抗菌药物敏感性测试（AST）所需的时间目前并不能满足急需的疾病管理。传统方法ID和AST需要多达3天。分子诊断方法可减少ID的时间，但是它们取代培养的理想情况尚未实现，因为AST仍然很慢。在此，研究人员开发了基于组合定量PCR（qPCR）的ID + AST检测方法，并发现该方法具有领先的院内细菌病原体的顺序检测，ID和AST。
该方法通过（a）去除血细胞，（b）短暂的细菌富集，（c）细菌检测和ID，以及（d）物种特异性抗微生物处理，对全血样品进行ID + AST 。通过广谱qPCR扩增16S和23S之间的内部转录间隔区的用于检测。通过高分辨率熔化曲线分类识别物种。通过处理和未处理样品之间的Ct差异实现AST。
研究结果显示，鲍曼不动杆菌，大肠埃希菌，肺炎克雷伯菌和金黄色葡萄球菌的检出下限为1 CFU / mL 。通过独特的熔解曲线课精确鉴定所有物种。用≥1个循环的Ct差异鉴定抗微生物最小抑制浓度。使用RNA靶标使得允许AST孵育时间从60分钟减少至5分钟。快速循环扩增使qPCR时间缩短了83％至30分钟。
研究表明通过联合，顺序ID + AST方案可以快速可靠地开展检测，ID和AST用于诊断血流感染，通过第二剂抗菌药物可以将经验转化为靶向治疗。
原始出处：
Nadya Andini, Anne Hu, A “Culture” Shift:
Broad Bacterial Detection, Identification, and Antimicrobial Susceptibility
Testing Directly from Whole Blood
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