Nature Protocols：张毅团队开发有效可重复的染色体外环状DNA纯化方法

染色体外环状DNA (Extrachromosomal circular DNA, eccDNA)在半个多世纪前被发现。然而，其生物成因和功能的研究才刚刚开始。阻碍我们理解eccDNA的一个障碍是很难从细胞中获得纯的eccDNA。目前的eccDNA纯化方法主要依赖于碱法裂解得到粗环后，用外切酶消化来消耗线性DNA。然而，由于eccDNA的低丰度和异质大小，目前的纯化方法不能有效地获得纯的eccDNA。

2022年12月14日，霍华德休斯医学研究所张毅课题组在Nature Protocols杂志在线发表题为“Purification, full-length sequencing and genomic origin mapping of eccDNA”的研究论文，该研究描述了一个新的三步eccDNA纯化(three-step eccDNA purification，3SEP)程序，该程序增加了一个步骤来恢复环状DNA，而不是从外切酶消化中逃脱的线性DNA，因此3SEP导致高纯度和可重复性的eccDNA制备。

此外，该研究开发了一种结合滚圈扩增和纳米孔测序的全长eccDNA测序技术。因此，开发的全长的eccDNA调用者(full-length eccDNA caller，Flec)来调用包含在去分支滚圈扩增产物中的多个串联副本的一致序列，并将一致序列映射到其基因组起源。总的来说，这种方案将促进eccDNA的鉴定和表征，并具有诊断和临床应用的潜力。