Clin Chem：合成循环游离DNA作为癌症液体活检的体细胞突变检测的质控材料
2017-08-29 MedSci MedSci原创
研究人员开发了一套合成cfDNA质控材料（SCQCM），在微球菌核酸酶消化系统的基础上，其携带体细胞突变作为模拟cfDNA并且能够与基因组DNA匹配作为遗传背景，以模拟真实临床中的配对肿瘤标准样品试验。使用来自CRISPR / Cas9编辑的具有EML4-ALK重排的细胞的单核苷酸变体或indel和基因组DNA含有1500-2000个碱基的定点诱变被片段化，定量并加入到衍生自HEK293T细胞的微
近日，国际杂志 《Clinical Chemistry》上在线发表一项关于合成循环游离DNA作为癌症液体活检的体细胞突变检测的质控材料的研究。
由于cfDNA浓度低、检测方法多变、工作流程复杂，在血浆中检测肿瘤衍生细胞游离DNA(cfDNA)的体细胞基因组改变仍然具有很大困难。此外，目前还没有合适的质控材料。
研究人员开发了一套合成cfDNA质控材料（SCQCM），在微球菌核酸酶消化系统的基础上，其携带体细胞突变作为模拟cfDNA并且能够与基因组DNA匹配作为遗传背景，以模拟真实临床中的配对肿瘤标准样品试验。使用来自CRISPR /
Cas9编辑的具有EML4-ALK重排的细胞的单核苷酸变体或indel和基因组DNA含有1500-2000个碱基的定点诱变被片段化，定量并加入到衍生自HEK293T细胞的微球菌核酸酶消化的DNA中。为了证明其适用性，将SCQCM与患者衍生的血浆样品进行比较，并在包含11个实验室的合作研究中进行了验证。
下一代测序的SCQCM分析结果与患者血浆样品的结果一致，包括cfDNA的大小分布和测序数据的质量控制指标。超过95％的实验室正确检测到EGFR T790M，L858R，KRAS
G12D和外显子19以及EML4-ALK变体2中的缺失的SCQCM 。
研究认为，SCQCMs可成功应用于更为广泛的环境，此外，SCQCM可以用作循环肿瘤DNA体细胞突变检测的测试性能评估中的最佳质控材料。
原始出处：
Rui Zhang, Rongxue Peng,
Ziyang Li,et al. Synthetic
Circulating Cell-free DNA as Quality Control Materials for Somatic Mutation
Detection in Liquid Biopsy for Cancer
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