二代测序(NGS)又称大规模平行测序,能够同时对上百万甚至数十亿个DNA分子进行测序,实现大规模、高通量测序的目标。近年来,以NGS技术为驱动的临床研究不断加强,临床应用也不断拓展,尤其是在肿瘤精准诊疗方面,已成为重要一环。
目前,我国肿瘤患者数目庞大,为肿瘤检测提出了更高的要求。相较于传统的影像学检查、肿瘤标记物检测和组织活检,肿瘤NGS检测具备高灵敏性、高通量、发现未知基因变异等优点,为癌症复杂疾病诊疗带来新的契机。但在应用时仍然存在诸多挑战,比如检测质量、数据管理和报告解读等,这也是整个行业亟需解决的问题。
近日,由中国临床肿瘤学会(CSCO)肿瘤生物标志物专家委员会组织撰写的《肿瘤二代测序临床报告解读共识》(以下简称“共识”)正式出炉,以促进NGS报告解读规范化落地,提升临床专家报告解读能力,为患者带来更多的临床获益,推动行业有序发展。
正如中国临床肿瘤学会(CSCO)肿瘤生物标志物专家委员会主任委员、广东省人民医院吴一龙教授在《肿瘤二代测序临床报告解读共识》暨第二次NGS全国调研项目发布会所说,“精准医学的前提就是精准检测,之前国内对二代测序达成了一定的共识,但是如何准确地解读报告,尚未形成统一的标准。希望此次《共识》,能够指导中国走上一条崭新的精准医学之路。”
迭代升级,进一步规范NGS报告解读
2019年CSCO肿瘤生物标志物委员会携手燃石医学发布的首个《中国NGS在临床肿瘤学实践中的调研报告》指出,目前NGS已成为中国临床肿瘤医生常用检测工具,大于30%的临床医生平均每月NGS检测量超过5个,但中国超90%临床医生需要NGS报告解读支持。
“分子诊断在当前的临床精准肿瘤学中至关重要。相比于传统检测,NGS检测数据量大,NGS报告信息庞杂,对临床医生NGS报告解读形成了阻碍。”《共识》的执笔组长、广东省肺癌研究所所长张绪超教授表示,“对于临床医生而言,如何在短时间内得知NGS检测报告是否可靠,以及如何在繁杂的内容中快速获取到最为关键的信息,目前看来是大家最为关心的问题之一。其次,从NGS报告中得到的信息能不能用于临床实践,也是医生比较存疑的部分。希望通过《共识》,进一步提升临床专家NGS报告解读能力,帮助临床快速抓取关键信息,推动NGS临床应用更为精准。”
据悉,此次《共识》的发布,是在《NGS临床报告解读指引》(下称“《指引》”)基础上进一步更新和完善,旨在规范NGS报告解读方法,提升临床专家报告解读能力。据张绪超教授介绍,《共识》从临床靶点或驱动基因相关体细胞变异注释及解读、NGS报告解读及临床决策和可报告范围及质量控制三个方面对NGS临床报告解读作以规范。
具体而言,随着靶向药物的不断上市以及NGS检测技术不断进步,仅仅使用DNA检测已经无法满足所有的临床需求,《共识》增加了RNA测序的推荐,并纳入了融合变异、外显子跳读等变异形式的临床解读,对复杂变异形式提供解读指导,助力临床精准诊疗。
此外,紧跟临床热点应用,《共识》增加了同源重组缺陷(homologous recombination deficiency,HRD)及微小残留病灶(minimal residual disease/molecular residual disease,MRD)等相关解读内容,来更好地覆盖可以让患者获益的检测内容。
NGS指导下,肿瘤全病程管理
肿瘤精准医疗是近年来NGS的另一重要应用领域,同时肿瘤早筛的巨大市场又给NGS技术带来了巨大的应用潜力。燃石医学创始人及CEO汉雨生表示,“NGS肿瘤市场规模不断扩大,应用场景也逐渐丰富,包括基于组织的伴随诊断、循环肿瘤基因检测(ctDNA)、微小残留病变检测(MRD)等,其中MRD作为癌症复发的预防检测方法,相关的研究正在如火如荼的展开。”
MRD是Minimal Residual Disease/Molecular Residual Disease 的缩写,指的是分子残留病灶,即当患者接受了手术以及辅助治疗等根治性治疗后,对患者进行术后或治疗后的肿瘤循环DNA(ctDNA)检测,MRD反映的是一种临床疾病状态。
“MRD所依托的技术有很多种,其中一种重要的技术就是基于血液DNA的二代测序技术。MRD能及早地判断疾病复发的可能性,从而帮助患者及早地进行临床干预,更好地改善患者预后。”张绪超教授进一步补充道,“MRD检测在技术层面涉及到诸多细节,希望MRD检测技术能够在动态的过程中不断得到完善和进步。”
同样,汉雨生认为,NGS未来也将在患者生命的早期发挥更大的作用,精准医疗在从晚期患者向早期患者移动,MRD也可以帮助更多的早期患者。通过肿瘤的早期发现,加上MRD这两个武器,我们希望能使更多的肿瘤患者能够在早期发现并且得到更精准的治疗,从而能使更多的肿瘤患者在早期发现并且得到更精准的治疗。”
2018年7月获国家药品监督管理局(NMPA)颁发的中国肿瘤NGS检测试剂盒第一证,在体外诊断领域具有里程碑式意义。据了解,燃石医学在肿瘤精准医疗研发方向主要覆盖:肿瘤患病人群精准医学检测;全球抗肿瘤药企的生物标志物和伴随诊断合作;多癌种早检,已进入临床验证阶段。
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