Science：基因测序揭示埃博拉疫情源头

在今年5月下旬，一位年轻女患者来到塞拉利昂的凯内马政府医院，她发着高烧并且刚刚经历了一次流产。在对其进行治疗的过程中，医生发现她感染上了埃博拉病毒——这是在塞拉利昂被确诊的第一个埃博拉病例。这名女患者最终痊愈，但是她及其携带的病毒如今却成为一场波及多个国家的医疗灾难，以及一篇重要研究论文的中心。

由美国马萨诸塞州剑桥市哈佛大学和布罗德研究所的Stephen Gire、Pardis Sabeti率领的来自美国、英国、塞拉利昂和尼日利亚的研究人员报告说，他们已完成了在西非流行的埃博拉病毒基因组测序工作。他们在发表于最新出版的美国《科学》杂志的一篇论文中报告说，他们对采集自这位女患者，以及在5月下旬至6月中旬之间在塞拉利昂被确诊感染了埃博拉病毒的另外77名患者体内的埃博拉病毒进行了基因测序和分析。初步分析显示，西非埃博拉疫情是过去10年中从中部非洲传入，病毒可能先从动物传染给人，之后在人际间传播。

研究人员在塞拉利昂出现埃博拉疫情的头24天获取了78名患者的99个埃博拉病毒样本，其中一些患者提供了两份样本。

研究人员利用基因组测序数据分析了埃博拉病毒的传播途径和进化史。结果显示，这次疫情中的病毒可追溯至2004年在中部非洲暴发的埃博拉疫情，这意味着在过去10年里中部非洲的一些埃博拉病毒逐渐传播到了西非。引发此次疫情的病毒可能首先由动物传给人，这种动物可能是果蝠。

基因组测序数据证实，至少在塞拉利昂，疫情可以追溯至一名几内亚传统治疗师的葬礼。这名治疗师因给埃博拉患者治疗而感染病毒死亡，来自塞拉利昂的13名女性参加了他的葬礼，其中一名年轻孕妇因发热及流产住院治疗，成为塞拉利昂的第一名被确诊的埃博拉患者。

令研究人员惊讶的是这13名女性在葬礼上感染了两种不同的埃博拉病毒，但现在还不清楚是上述那名治疗师同时感染了两种埃博拉病毒，还是参与葬礼的人在其他地方感染了其中一种埃博拉病毒。

研究人员指出，最终的测序结果使人们深刻理解了埃博拉病毒如何在暴发的过程中发生了变化——迄今为止，此次埃博拉病毒仅在塞拉利昂已感染了900多人且目前依然在传播。

专家认为，该序列将有助于改善目前的埃博拉病毒诊断测试模式，并且从长远来看，对于指导疫苗和治疗方法的研制开发具有重要意义。

这项研究工作涉及了来自4个国家的50多名合作者，同时也凸显了第一线的医务工作者所面临的巨大风险——5位作者因此不幸感染了埃博拉病毒，并在论文发表之前去世。

研究发现，总体而言，埃博拉病毒的基因组变化速度快且通常发生在蛋白编码区，其中包括影响埃博拉病毒检测准确率和治疗效果的关键区域。这显示了跟踪研究埃博拉病毒变化的重要性，这项研究可为保证检测和治疗的有效性提供有关病毒的新信息。

论文第一作者Gire在一份声明中说：“在这次疫情中，我们已发现300多个与此前疫情不同的遗传线索。我们不清楚这些（基因组）差异是否与此次疫情的严重程度相关，但通过与科学界共享数据，我们希望加速我们对此次疫情的了解，并为国际社会控制疫情提供支持。”

原始出处：

Gretchen Vogel. Genomes reveal start of Ebola outbreak. Science, 29 August 2014;