Nature：早期奥密克戎突变株的检出和传播动力学

近日，最早发现和报告新冠奥密克戎（Omicron）突变株的南非泰伦博斯大学的 Tulio de Oliveira 团队在 Nature 发表了题为：Rapid epidemic expansion of the SARS-CoV-2 Omicron variant in southern Africa 的研究论文。

这篇经过同行评审的研究论文描述了新冠病毒（SARS-CoV-2）变异株奥密克戎（Omicron）在南非被鉴定的经过以及早期的快速传播。

奥密克戎的出现和快速传播对全世界构成了威胁，尤其是对非洲，那里只有不到十分之一的人口完成了疫苗的全程接种。Tulio de Oliveira 团队分析了最早的686例奥密克戎基因组（248例来自南非，438例来自世界其他地区）。

他们发现，2021年10月末至11月末，奥密克戎从南非的豪登省扩散至南非其余八个省中的七个省，还扩散到了博茨瓦纳的两个地区。据估计，11月初至12月初的有效再生数约为2.7——有效再生数是指在任何时间点，一名个体在部分易感的人群中平均能传染的人数。

截至12月16日，87个国家在南非返回的旅客样本中或在社区例行检测的样本中发现了奥密克戎。截至2022年初，奥密克戎已经在100多个国家被发现，GISAID数据库现已公开了超过10万例基因组。

奥密克戎变异株的独特之处在于，它的病毒刺突蛋白上有30多个突变。基因型和表型数据显示，奥密克戎有能力逃逸中和抗体应答。本论文所描述的模拟显示，免疫逃逸或许是奥密克戎被观察到的快速传播能力的一个主要原因。

论文作者指出，他们的研究结果只是基于早期的测序数据，有必要对奥密克戎在南非以外国家的传播进行密切监测，以便更好地理解奥密克戎的传播性，以及它逃逸既往感染和疫苗诱导免疫力的能力。

原始出处：

Raquel Viana ， Sikhulile Moyo， et al. Rapid epidemic expansion of the SARS-CoV-2 Omicron variant in southern Africa. Nature， 2022.