SNP检测方法汇总

分析SNP的方法有许多种，本文收集目前还在用的方法，按通量从高到低排列：

1. 全基因组测序

1. 这是最贵的方法，但也是看SNP最全的方法

2. 大概一个人样本，花2万元

2. 外显子组测序

1. 外显子组测序，也可以得到较全面的SNP信息

2. 大概一个人样本，花1.5万元
   

3. 随着人全基因组测序的价格降到2万元左右，外显子组测序会很快退出市场

3. 全基因组SNP芯片

1. 原理，核酸杂交，荧光扫描

2. Illumina和Affymetrix都有很著名的全基因组SNP芯片，例如：

1. Affymetrix: CytoScan，SNP 6.0，

2. Illumina: 660，中华，450K等

3. SNP芯片，在2000~5000元每样本，还是比全基因组测序的2万元一个样本的价格要低

4. 质谱法

1. 原理，精确测量PCR产物的分子量，就可以知道SNP位点上是A/C/G/T中的哪一个

2. Sequenome MassArray法测中等通量的SNP位点是十分准确的

3. 单个位点、单个样本的费用约2元人民币

4. 无需预制芯片、预订荧光探针,只要合成常规的PCR引物就可以做实验了

5. 如果测几十个点，到上百个点，是很方便的方法

5. SNPseq法

1. 此方法为天昊公司所创，一次测几百个位点

2. 原理：

1. 用Goldgate法做出针对某些位点的多重PCR片段

2. 高通量测序，数据分析得到SNP位点结果

6. SNPlex

1. 中等偏高通量的方法，一次几十个位点

2. 原理：

1. 用末端特异的引物做多重PCR，把模板进行扩增

2. 基于毛细管电泳，把片段分离开，读颜色




7. SNaPshot

1. 中等通量的方法

2. 设计3'位挨着目标位点的探针
   

3. 用双脱氧的荧光标记ddNTP做一个碱基的延伸

4. 毛细管电泳，看延伸的这个碱基是什么颜色




8. Taqman法

1. Taqman原理，如果要找原理，请回复“荧光”两字

2. Taqman方法，一次一管测一个位点

3. 通量最低，但是结果可靠

4. 原理：

1. 设计与SNP位点互补的荧光探针，其中一个标VIC（红色荧光基团）,另一个标FAM（绿色荧光基团），同时分别有淬来基团吸光

2. Taq酶有5'-->3'的外切酶活性，如果探针粘有模板上，就被切碎

3. 探针被切碎后，荧光基团与淬灭基团分离，发出荧光。看荧光颜色，就可以知道SNP位点上是什么碱基
   




9. ArrayTape法

1. 基于Taqman原理

2. 用塑料卷代替微孔板，用水浴锅代替PCR仪，提供通量

3. 费用降到0.7元/SNP/样本以下




10. OpenArray法
    

1. OpenArray法，基于Taqman原理

2. 用预置了PCR引物的微孔来代替微孔板

3. 费用可降到1元人民币/SNP/样本