新冠病毒演化速度与感染人数正相关
来源:Molecular Biology and Evolution
近日,发表于《分子生物学与进化》(Molecular Biology and Evolution)的一项研究表明,随着感染人数的不断增加,新冠病毒的演化速度显着加快。
研究者分析了GISAID数据库截至2021年7月份200多万条新冠病毒基因组数据,并确定了5个主要的毒株“突变群”,每个“突变群”包含若干连锁的突变。虽然“突变群”出现的间隔时间基本不变,但“突变群”的突变数量随着疫情明显增加,从最初的3-4个到后来的21-31个突变,而且非同义突变数目和同义突变数目的比值也明显增高,这些都是病毒加速进化的直接证据。
新冠病毒传染性的RNA编辑位点被确定
来源:Nucleic Acids Research
近日,发表于《核酸研究》(Nucleic Acids Research)的一项工作,开发了一种高特异性的RNA病毒A-to-I RNA编辑位点鉴定的生物信息学分析方法。
研究人员通过对上万份新冠病毒基因组的测序数据进行分析,证明了新冠病毒通过劫持宿主细胞中的ADAR1p150对自身基因组进行RNA编辑。一些A-to-I RNA编辑位点可以通过改变Spike蛋白的氨基酸序列调控血清以及抗体对Spike蛋白与ACE2的结合作用。A-to-I RNA编辑可以促进新冠病毒在人群中的进化,有数10个编辑位点跟新近毒株中关键位点突变一致,暗示这些毒株可能是通过RNA编辑获得关键突变。
血液中的特定蛋白同新冠重症相关
来源:PLoS Genetics
3月3日,发表于《PLoS遗传学》(PLoS Genetics)的一篇论文,研究人员使用孟德尔随机化方法确定了血液蛋白与严重新冠病毒之间的因果关系。
研究人员收集了血液蛋白和新冠病毒的GWAS数据,并将3000多种血液蛋白作为孟德尔随机化法暴露,以便识别出潜在的生物标志物。研究结果显示:血液中较高的五种蛋白质GCNT4、CD207、RAB14、C1GALT1C1、ABO水平,与新冠病毒的住院风险或呼吸支持/死亡风险增高有显着的相关性。研究还发现,较高水平的内源性大麻素酶可能会增加住院的风险。
ACE2表达水平影响个体感染新冠病毒的风险
来源:Nature Genetics
3月3日,发表于《自然·遗传学》(Nature Genetics)的一项研究表明,新冠病毒通过血管紧张素转换酶2(ACE2)进入人体宿主细胞,最终导致感染者患病。
研究人员通过全基因组关联研究,发现一种变异体可将ACE2表达下调37%,并使个体感染新冠肺炎的风险降低40%,为ACE2表达水平影响个体新冠肺炎风险提供人类遗传学证据。研究人员还分析了先前研究发现的六种变异体与新冠肺炎患者临床结果的关系,其中四种与个体感染新冠病毒后的较差临床结果相关。
轻度新冠患者大脑结构也会发生巨大变化
来源:Nature
3月7日,发表于《自然》(Nature)的一项研究发现,即便只是轻症,新冠肺炎也会改变脑部结构,影响与嗅觉和记忆相关的脑区。
分析表明,在感染过新冠的对象中,与嗅觉和事件记忆相关的脑区的灰质厚度出现了较大幅度的减少,而且其嗅皮质相关脑区组织出现损伤、整体脑容量出现下降,认知能力下降更大。进一步分析证明这些变化与新冠有关,而非感染呼吸系统疾病会出现的一般效应。
有心脏缺陷的人患新冠肺炎的风险更大
来源:Circulation
3月7日,发表于《循环》(Circulation)的一项研究表明,有先天性心脏缺陷的新冠肺炎住院患者比没有先天性心脏缺陷的患者患重病或死亡的风险更高。
研究结果显示,54%的先天性心脏缺陷患者被送入ICU,而没有先天性心脏缺陷的患者中有43%被送入ICU。24%的先天性心脏缺陷患者需要使用呼吸机进行呼吸,而没有先天性心脏缺陷的患者中有15%需要呼吸机。11%的先天性心脏缺陷患者在住院期间死亡,而没有先天性心脏缺陷的患者中有7%。
全基因组测序揭示关键的新冠肺炎宿主因素
来源:Nature
3月7日,发表于《自然》(Nature)的一项研究指出,危重症新冠肺炎是由免疫系统介导的肺部炎症引起的。
研究人员通过全转录组关联分析和共定位来推断宿主基因表达与危重症新冠肺炎之间的关系,结果发现有多个基因:可使膜翻转酶表达减少的基因ATP11A、可使粘液蛋白表达增加的基因MUC1与危重症新冠肺炎有关。研究人员还使用孟德尔随机化方法发现,骨髓细胞粘附分子和凝血因子F8之间具有因果关系,这些发现都可用于开发新的新冠肺炎药物。
广谱中和抗体可抵抗奥密克戎变异株
来源:Cell Research
3月8日,发表于《细胞研究》(Cell Research)的一项研究发现,灭活疫苗能够诱导出有效对抗奥密克戎的广谱中和抗体,并且靶向了一类公共的保守表位,该类抗体在不同免疫背景下均可被诱导出来。
该研究不仅回答了奥密克戎突变株显着逃逸中和抗体的科学问题,也开发了超广谱的单克隆中和抗体VacW-209对抗突变株,同时,归纳总结了一类重要公共抗体的保守表位,为今后通用疫苗的设计提供了潜在靶点。
全人源纳米双抗药物或可中和所有变异株
来源:Cell
3月9日,发表于《细胞》(Cell)的一项研究,报道了一种抗新冠病毒的广谱双特异性全人源纳米抗体,该抗体同时靶向病毒刺突蛋白上两个不同的保守表位。
研究团队发现奥密克戎的RBD虽然发生了不少突变,但还是有两个区域未发生明显的免疫逃逸,一个是其朝向外侧的侧面区的一部分,另一个隐藏在三聚体内部。分别针对以上两个保守区域的两株全人源纳米抗体通过适当长度的连接子串联,获得了一株分子量仅为27 kDa的小体积双特异性全人源纳米抗体,抗体理化性质优,能强效结合和中和所有的流行突变株。
部分抗病毒药物对奥密克戎BA.2变体仍有效
来源:NEJM
3月9日,发表于《新英格兰医学杂志》(NEJM)的一项研究发现,美国吉利德公司的静脉注射药物瑞德西韦(remdesivir)、默沙东的口服药物莫努匹韦和辉瑞的Paxlovid口服药中的活性成分可有效中和新冠病毒奥密克戎BA.2变体。
研究团队使用非人类灵长类动物细胞,测试了七种单克隆抗体疗法、三种组合抗体疗法和三种针对BA.2变体的抗病毒疗法。除上述药物有效性外,实验还表明单一使用正常剂量的双抗体疗法已无法中和BA.2变体,其他抗体治疗也被证明对BA.2变体的中和效果不如对早期的新冠变体有效。
全球新冠死亡人数可能是官方记录的3倍以上
来源:the Lancet
3月10日,发表于《柳叶刀》(the Lancet)的一项研究指出,全球死于新冠大流行的人数可能是官方新冠死亡记录的3倍以上。据统计,从2020年1月1日至2021年12月31日,全球累计新冠死亡病例报告约为590万例,但研究显示,同期有1820万例超额死亡。该研究提供了首个经同行评议的2020年初至2021年底期间全球191个国家和地区因新冠导致的超额死亡的估计。
研究团队根据全球191个国家和地区报告的全因死亡数据,建立模型,并首次评估了大流行期间全球范围的超额死亡数。结果显示,超额死亡数最高的地区是拉丁美洲安第斯地区、欧洲东部和欧洲中部。此外,研究人员提醒,该研究存在一定的局限性,比如部分地区缺少全因死亡人数,只能通过统计模型预测。
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