癫痫是中枢神经系统最常见的疾病之一。它最突出地出现在儿童时期，以反复发作为特征。根据WHO统计，全世界大约有5千万人患有癫痫。有许多原因可以导致癫痫，包括感染、遗传异常和没有明确潜在遗传成分的结构、代谢或免疫异常。然而，在大约一半的病例中，其原因仍然完全未知。
为了评估基因组测序对儿童癫痫的诊断价值，并对癫痫的分子遗传机制提供基于基因组测序的见解，以帮助建立准确的诊断，设计适当的治疗方法并协助遗传咨询，来自深圳儿童医院的专家对320名中国癫痫患儿进行了基因组测序，并对所有样本的单核苷酸变体和拷贝数变体进行了解读，结果发表在Brain杂志上。
研究人员建立了完整的血统，并对疑似患者的临床数据进行了追踪。对患者的临床表型、治疗、预后和基因型进行了分析。结果发现癫痫发作的年龄从1天到17岁不等，中位数为4.3岁。
320名儿童中的117名（36.6%）发现了致病/可能致病的变体，其中93名（29.1%）有单核苷酸变体，22名（6.9%）有拷贝数变体，两名同时有单核苷酸变体和拷贝数变体。单核苷酸变异最常出现在SCN1A（10/95，10.5%），它与Dravet综合征有关；其次是PRRT2（8/95，8.4%），它与良性家族性婴儿癫痫有关；TSC2（7/95，7.4%），它与结节性硬化症有关。
在拷贝数变异中，有3个长度小于25千碱基。最常见的复发性拷贝数变异是17p13.3缺失（5/24，20.8%），16p11.2缺失（4/24，16.7%）和7q11.23重复（2/24，8.3%），它们与癫痫、发育迟缓和先天畸形有关。四个特殊的16p11.2缺失和两个15q11.2缺失被认为是导致与癫痫有关的神经发育障碍的易感因素。
不同年龄段癫痫患者基因变异分布
在出生后第一个月内发作的患者中，诊断率为75.0%，而在较晚年龄发作的患者中，诊断率逐渐下降。有42名患者（13.1%）被发现可针对基因组测序所确定的潜在遗传原因进行专门治疗。其中三人接受了相应的靶向治疗，并表现出良好的预后。
综上，基因组测序提供了完整的基因诊断，能够为患者的父母提供个性化的治疗和遗传咨询。基因组测序有望成为癫痫患者基因检测的首选方法。
参考文献：
Genome sequencing of 320 Chinese children with epilepsy: a clinical and molecular study, Brain, Volume 144, Issue 12, December 2021, Pages 3623–3634, https://doi.org/10.1093/brain/awab233
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