【佳作推荐】上海药物所郑明月小组Nat Comput Sci论文：PBCNet模型用于计算配体分子的相对结合自由能
近期，上海药物所郑明月课题组开发了深度学习模型PBCNet用于快速准确预测配体相对结合自由能。
ComputArt计算有乐趣 - 深度学习模型，PBCNet，相对结合自由能，神经网络将蛋白 - 2023-11-20
Dent Mater J：大气等离子体辐射下牙科合金表面性能的变化
这篇研究的目的是通过检测分子间的吸引以及分子和原子间的反应评估大气等离子体辐射对材料表明的化学转换。
MedSci原创 - 等离子体，辐照，合金 - 2020-01-04
Alzheimer’s & Dementia: TREM2的多聚化受阿尔茨海默病相关变异影响
TREM2三聚体的稳定性主要由D87和R76之间的盐桥驱动。AD相关变异R47H和R98W破坏了这一盐桥，D87N变异则导致其完全丧失，显著减少了TREM2多聚化。
MedSci原创 - 阿尔茨海默病，遗传变异，分子动力学模拟算法 - 2024-07-28
JMC | 新型水溶性“唑啉铵”可选择性修饰肽和蛋白的赖氨酸残基
本研究开发的一类新型水溶性唑啉铵可对肽、蛋白及活细胞蛋白赖氨酸进行化学和位点选择性修饰，在化学生物学和创新药物研究中具有潜在应用价值。
中科院上海药物所 - 唑啉铵，肽和蛋白，赖氨酸残基 - 2022-08-30
J Ethnopharmacol：基于计算机模拟和生物测定的独活寄生汤治疗骨关节炎的COX-2/5-LOX双重抑制机制
本研究阐明独活寄生汤（DHJSD）靶向COX-2和5-LOX治疗骨关节炎（OA）的双重作用机制。
MedSci原创 - 骨关节炎，COX-2，虚拟筛选，独活寄生汤，分子动力学模拟，5-LOX - 2024-12-24
Int J Mol Sci：牙科修复体和修复材料界面对口腔生物膜的影响
口腔生物膜附着在牙齿表面和口腔中的牙科材料表面上。口腔生物膜不仅是龋齿和牙周炎的发病机制，也是继发龋和种植体周围炎的发病机制，导致临床治疗失败。暴露于口腔条件的材料表面由于其特定的物理和化学特性而可以影响获得性薄膜、初始细菌粘附和生物膜形成。 为了确定牙科修复体和修复材料的物理和化学特性对口腔生物膜的影响，我们讨论了树脂基复合材料，玻璃离聚物粘固剂，汞合金，牙科合金，陶瓷和牙科植入材料的表面
MedSci原创 - 2018-10-17
Nat Commun:杨帆/杨巍/杨仕隆联合团队解析薄荷醇激活离子通道结构机制
天然激动剂薄荷醇如何结合并激活该通道的分子机制一直未被阐明。
BioArt - 药物，薄荷醇，离子通道，结构机制 - 2020-07-30
算出铁死亡蛋白GPX4的可药口袋和抑制剂！
铁死亡是2012年Brent R. Stockwell实验室发现的一种铁依赖的细胞程序性死亡，由不受限制的脂质过氧化和随后的质膜破裂引起，与肿瘤的发生、发展和耐药密切相关。
精准药物 - 蛋白构象采样，可药口袋诱导，分子筛选与验证 - 2022-12-17
晶泰科技方磊团队JCIM论文：结合人工智能和计算化学方法发现靶向PI5P4K-β的新型活性苗头化合物
该团队在ID4Inno药物发现平台上开发了一种结合人工智能和计算化学来识别苗头化合物的工作流程，该方法具有人工智能的创新性、计算化学的高效性和云计算的高性能等功能特征。
ComputArt计算有乐趣 - 靶向PI5P4K-β，活性苗头化合物 - 2023-09-25
Nucleic Acids Res：清华陈春来课题组：报道mRNA二级结构构象可塑性对核糖体翻译和程序核糖体移码的调控机制
清华大学生命科学学院陈春来课题组在学术期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）杂志在线发表了题为《mRNA下游假结体的构象可塑性对核糖体的动态构象和移位速率的调制》（Translocation kinetics and structural dynamics of ribosomes are modulated by the conformational plasticit
细胞 - mRNA，二级结构构象可塑性，核糖体翻译，程序核糖体移码，调控机制 - 2018-07-19
Eur J Oral Sci：空气研磨加活性玻璃改性或可提高种植体骨结合
本研究旨在评估45S5生物活性玻璃，含锌生物活性玻璃或惰性玻璃在空气磨蚀后在喷砂和酸蚀钛表面上的人成骨样MC3T3-E1细胞的亲水性，表面自由能以及增殖和活力。
MedSci原创 - 2020-03-12
J Chin Med Assoc：各种清洁程序是否会损伤牙种植体的表面？
支持治疗对于牙种植体的长期成功至关重要。但是，专业的清洁程序可能会改变种植体基台的表面并导致不良的生物学反应。本研究旨在通过检查表面变化以及随后在基台材料上的细菌粘附力来评估四种临床上使用的清洁程序。抛光钛和氧化锆圆盘，并将其分为五组：钛刮匙处理，碳纤维增强塑料刮匙处理，碳纤维尖端处理的超声结垢，甘氨酸粉末进行空气抛光以及对照组，不进行任何处理。仪器安装后，记录算术平均粗糙度（Ra），亲水性和表面
网络 - 2020-02-14
Braz Dent J：氧化锆生物活性玻璃涂层可更好的达到上皮封闭的作用
评估表面形貌（SEM），化学组成（EDX），表面粗糙度（Ra;共聚焦显微镜），表面自由能（测角测量）和颜色改变（UV-可见分光光度法）（n = 6）。此后，将L929成纤维细胞接种到Zr和Z
网络 - 2019-07-30
miRNA 靶基因预测介绍
miRNA主要通过与靶mRNA的结合，或促使mRNA降解，或阻碍其翻译，从而抑制目的基因的表达。用生物信息学方法准确快速地预测miRNA的靶基因，可以为研究miRNA功能提供线索。植物miRNA 靶基因的预测比较简单, 因为在植物中miRNA与靶基因几乎以完全互补配对的方式结合, 预测时无需复杂的算法。 计算方法的预测主要依赖于已经验证的miRNA和靶基因间的结合的规律。
MedSci原创 - miRNA，靶基因 - 2014-01-07
Int J Mol Sci：牙科修复体和材料表面对口腔生物膜的影响
口腔生物膜附着在牙齿表面和口腔中的牙科材料表面上。与此同时，口腔生物膜不仅是龋齿和牙周炎的发病因子，也是继发龋和种植体周围炎的引发因素，导致临床治疗失败。暴露于口腔的材料表面由于其特定的物理和化学特性而可以影响获得性薄膜，初始细菌粘附和生物膜形成。为了确定牙科修复体和修复材料的物理和化学特性对口腔生物膜的影响，我们讨论了树脂基复合材料，玻璃离聚物粘固剂，汞合金，牙科合金，陶瓷和牙科植入材料的表面特
MedSci原创 - 2018-12-15
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