Science:开发出TT-Seq技术绘制人类瞬时转录组图谱
基因之间的序列长期以来被视为“垃圾DNA”,我们如今知道它们也发挥着至关重要的功能。这些DNA区域发生的突变能够严重地对人类发育造成损害,而且可能在生命后期导致严重疾病。然而,在此之前,调节性DNA序列一直很难发现。如今,在一项新的研究中,德国慕尼黑理工大学计算生物学教授Julien Gagneur团队和德国马克斯普朗克生物物理化学研究所教授Patrick Cramer团队如今开发出一种方法可
生物谷 - TT-Seq技术,人类瞬时转录 - 2016-06-04
Nature Methods:新算法利用空间转录组数据构建肿瘤的“空间进化图谱”
癌症进展受多种因素驱动,研究推出 “CalicoST” 算法,可从空间转录组学数据推断相关 CNAs 并重建肿瘤进化轨迹,经验证优势明显,可为肿瘤研究提供助力。
测序中国 - 肿瘤,空间转录组学 - 2024-11-17
Nat commun:人类前列腺癌恶化和转移的基质和上皮转录图谱
尽管正常前列腺上皮恶化到侵入性癌症是由分子变异驱使的,肿瘤细胞和癌症微环境中的细胞是相互依赖的和共同进化的。到目前为止,很少有研究聚焦基质。最近,有研究人员对激光捕获显微切割的正常非瘤前列腺上皮组织进行了基因表达的分析,并且将该表达数据与从根治性前列腺切除术获得的非转的和瘤的低等级和高等级前列腺上皮组织的表达数据进行了比较,并且每一个样本都带有其周围的基质。研究发现,具有或者不具有肿瘤的前列腺良性
MedSci原创 - 前列腺癌,基质,上皮,转录图谱 - 2017-09-11
Nat Genet:中枢神经系统相关的小胶质细胞的转录图谱
小胶质细胞是中枢神经系统(CNS)的组织驻留巨噬细胞,在突触的剪切、神经元可塑性以及维持大脑内的局部免疫监视中发挥着至关重要的作用。
MedSci原创 - 中枢神经系统,人诱导多能干细胞,小胶质细胞,转录图谱 - 2021-06-04
Nat Commun:我国科学家首个小鼠全身各器官转录因子蛋白质组图谱
复旦大学生命科学学院丁琛研究员课题组与国家蛋白质科学中心(北京)秦钧课题组合作发表了题为“A Mouse Tissue Transcription Factor Atlas”的研究论文,揭示了转录因子在小鼠各个不同器官的表达情况研究对于理解转录因子调控基因表达以及开展相应的基础和转化医学具有重要的理论指导和应用价值。
生物通 - 基因,转录因子,蛋白质,小鼠 - 2017-04-27
Nature Medicine:人类首次描绘月经周期中子宫内膜单细胞转录组图谱
人类的月经周期,就是每月一次的子宫内膜(endometrium)的脱落、再生和重塑的过程。该研究使用单细胞测序技术,系统地表征了月经周期这一人类独特的生理过程。
Bio生物世界 - 子宫内膜,月经周期,转录组图谱 - 2020-09-16
Nat Commun:基于单细胞和空间转录组学分析构建NSCLC免疫和非免疫区图谱
研究团队将来自25名未接受治疗LUAD或LUSC患者的近90万个细胞的scRNAseq数据和其中8名患者的空间转录组学数据结合起来,系统研究了肿瘤和邻近非肿瘤组织中细胞组织的差异。
测序中国 - NSCLC,肺癌,空间转录组学 - 2024-06-18
PNAS发表全面的小鼠耳蜗单细胞转录组图谱,为遗传性耳聋靶向治疗提供参考
通过将单细胞、单核RNA测序(scRNAseq和snRNAseq)与广泛的RNA原位杂交检测(RNA scope)相结合,表征了几乎所有耳蜗细胞类型的转录组学特征。
测序中国 - 遗传性耳聋 - 2023-07-11
Cell:衰老小鼠大脑时空转录组图谱并报道胶质细胞衰老区域特异性
神经胶质细胞衰老的全脑基因特征,证实其存在空间异质性。与皮层相比,白质神经胶质衰老加速,特异性神经元群体具有区域特异性
brainnew神内神外 - 衰老,细胞衰老,胶质细胞,转录组图谱 - 2023-09-11
Blood:血小板和iPSC来源的巨核细胞的全基因组转录图谱和RNA测序
GWAS研究已经明确了与血小板相关表型相关的常见变异,但由于这些变异主要位于内含子中或基因间,它们与血小板生物学特征的相关性尚不清楚。
MedSci原创 - 血小板,巨核细胞,数量性状位点(eQTL) - 2020-11-02
Cell Reports︱汤富酬研究组与合作者绘制人类肾脏发育单细胞转录组图谱
肾脏是人体最重要的内脏器官之一,对维持机体的酸碱平衡,调节水盐代谢,排泄代谢废物以及调节血压等方面都具有重要作用。过去几十年来基于小鼠模型的研究,已经相对完整地揭示了哺乳动物胚胎期肾脏的发育过程。然而由于小鼠和人类物种间差异的存在,长期以来对于人类胚胎期肾脏发育过程始终没有得到很好的说明,特别是关于肾脏发育过程中一些重要细胞类型的起源及其功能、以及参与完整肾单位发育成熟的分子调控机制等方面都亟待进
细胞 - 绘制,人类,肾脏,发育单细胞,转录组图谱 - 2018-09-28
Blood:44802个单个造血干/祖细胞的转录图谱揭示了8种血系细胞的分化过程
中心点:通过对44802份造血干/祖细胞进行单细胞转录分析确定了向9种不同的血系分化的切入点。通过与13815份c-Kit突变细胞进行对比,确定了细胞类型丰度的多效性变化以及潜在的分子特征。
MedSci原创 - 单细胞NRA测序,血系,分化 - 2018-03-28
Nat Commun:空间转录组学和单细胞多组学整合分析构建人类胸腺细胞发育空间图谱
研究团队开发了TSO-his(组织结构的转录组学分割)工具,用于整合单细胞和空间转录组学的多模态数据,并破译人类胸腺的复杂结构。
测序中国 - 胸腺,空间转录组学,空间图谱 - 2024-10-14
JCI Insight:赵强团队分析不同分化阶段转录图谱,揭示诱导神母细胞瘤分化节点分子
本研究通过不同分化阶段NB的转录图谱,分析神经母细胞分化的路径,找寻诱导神经母细胞瘤从“干细胞”表型向“肾上腺能”表型分化的节点分子。
儿童肿瘤前沿 - 神经母细胞瘤,分化节点分子 - 2023-12-10
Nature | 单细胞分辨率绘制食蟹猴胚胎综合转录组图谱,揭示原肠胚形成和早期器官发生
该研究揭示了主要的泌乳周细胞类型的转录组特征,有助于阐明灵长类动物的形态发生事件。
测序中国 - 转录组图谱,单细胞分辨率,胚胎综合 - 2023-01-05
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