SCI REP：利用 RNA-Seq 鉴别细菌和病毒感染
近日，国际杂志 《SCI REP》在线发表一项关于利用 RNA-Seq 鉴别细菌和病毒感染的研究。
MedSci原创 - 感染，细菌 - 2017-08-06
Front Immunol：强直性脊柱炎患者外周血单个核细胞的整合单细胞RNA-SEQ和ATAC-SEQ分析
强直性脊柱炎(AS)是一种免疫介导的脊柱关节病。该研究集中在T细胞如何参与AS的发病机制，这将丰富AS单细胞研究的数据，为理解AS的发病机制提供新的视角。
MedSci原创 - 强直性脊柱炎，整合单细胞RNA-SEQ，ATAC-SEQ - 2022-02-19
Blood：单细胞RNA-seq可揭示非整倍体造血细胞的特异性转录本。
癌细胞常发生染色体异常。特定的细胞遗传变异常可用于预测结局，特别是对于血液肿瘤，例如常发生于恶性髓性血液病的7号染色体的单倍体。一直以来，由于缺乏将非整倍体细胞与二倍体细胞区分的标志物，很难在细胞水平研究非整倍体对功能的影响。
MedSci原创 - 单细胞RNA-seq，造血细胞，单倍体 - 2017-10-15
Ann Rheum Dis：单细胞RNA-seq分析揭示了人类骨关节炎的进展
这项研究结果为软骨细胞分类学提供了新的见解，并为人类OA软骨再生的有效和功能性操作提供了潜在线索。
MedSci原创 - 骨关节炎，RNA-seq分析，软骨细胞，HTCs - 2018-07-24
基于英国“10万人基因组计划”转录组数据，揭示RNA-seq对罕见疾病的诊断潜力
该研究对英国“十万人基因组计划”（UK100K）中一个大型患者队列的转录组数据进行了初步分析，揭示了RNA-seq在改善罕见疾病诊断方面的潜力。
测序中国 - RNA-Seq，RNA测序，罕见疾病 - 2023-06-28
Ann Rheum Dis：单细胞RNA-seq分析可以识别半月板祖细胞并揭示半月板变性的进展
识别半月板祖细胞为基于细胞的半月板组织工程学提供了全新的角度，并证明了半月板变性的新机制，而这有助于开发新的治疗策略。
MedSci原创 - 半月板变性，单细胞RNA-seq分析，半月板祖细胞，DegP - 2020-01-07
Nat Genet：WES联合RNA-seq分析揭示晚期NSCLC免疫治疗的基因组学和转录组学特征
通过对基因组特征以及已有的免疫和肿瘤生物学相关特征的综合分析，发现了不同信号通路和不同细胞类型之间复杂相互作用的现象，进一步揭示了免疫检查点抑制剂治疗背后的多维度相互作用。
测序中国 - NSCLC免疫治疗 - 2023-05-06
中国科学院上海免疫与感染研究所晁彦杰课题组《自然·通讯》：开发出解析微生物活细胞RNA-RNA互作图谱的新技术iRIL-seq
该研究开发了一项全新的RNA互作组高通量研究技术，使用该技术能在微生物活细胞内快速鉴定RNA-RNA分子间相互作用，在转录后水平发现新的基因调控机制。
BioMed科技 - RNA互作组高通量研究技术，RNA互作网络图谱 - 2023-12-13
Nature子刊 | 多用途深度学习方法sciPENN，可预测、插补scRNA-seq、CITE-seq蛋白质表达
综上所述，研究团队开发了sciPENN深度学习模型，可以预测和估算蛋白质表达，集成多个CITE-seq数据集，量化预测和估算不确定性。
测序中国 - sciPENN，、插补scRNA-seq，CITE-seq蛋白质表达 - 2022-11-24
Nature子刊：多用途深度学习方法sciPENN，可预测、插补scRNA-seq、CITE-seq蛋白质表达
研究团队开发了sciPENN深度学习模型，可以预测和估算蛋白质表达，集成多个CITE-seq数据集，量化预测和估算不确定性。
测序中国 - 基因测序，深度学习 - 2022-11-24
基于RNA-Seq的长非编码RNA（lncRNA）预测
随着新一代生物技术和生物信息学的发展，研究发现在真核生物转录组中存在大量长非编码RNA（long non-coding RNA, lncRNA），而这些lncRNA可能在基因表达调控过程中起到关键性的功能作用 当前lncRNA研究主要采用高通量RNA-Seq测序技术，并通过生物信息学方法对测序数据进行处理和分析，以挖掘其中lncRNA的序列、结构、表达及功
生物化学与生物物理学进展 - RNA-Seq，长非编码RNA - 2014-01-03
RNA-seq方法原理、数据分析、数据库及工具全面介绍
bsp;- De novo assembly of short reads with robust error correction. An improvement on early versions of SSAKE. * Velvet - Velvet is a de novo genomic assembler specially designed for sho
MedSci原创 - RNA-Seq，数据，数据库 - 2014-01-04
RNA-seq技术揭示与前列腺癌有关的新型融合基因
973首席科学家第二军医大学上海长海医院孙颖浩教授运用RNA-seq技术首次对中国人前列腺癌及癌旁组织进行系统研究，发现新型融合基因、癌相关长链非编码RNA、异构体和点突变。研究
MedSci原创 - 前列腺癌，融合基因 - 2012-03-21
利用Perturb-Seq和CRISP-Seq大规模平行分析数以万计基因扰动
单细胞筛选：一种向导RNA（gRNA）文库---每个gRNA靶向一个独特的基因用于CRISPR干扰，并且携带一种独特的条形码序列---被导入一个细胞群体中，这个细胞群体的密度确保一个gRNA
生物谷 - 基因扰动，CRISPR，Cas9，Perturb-Seq，CRISP-Seq，向导RNA，mRNA，条形码 - 2017-03-28
CLIP-seq—动物miRNA靶基因筛选新方法
CLIP-seq，即紫外交联免疫沉淀结合高通量测序(crosslinking-immunprecipitation and high-throughput sequencing),是一项在全基因组水平揭示RNA分子与RNA结合蛋白相互作用的革命性技术。其主要原理是基于RNA分子与RNA结合蛋白在紫外 照射下发生耦联，以RNA结合蛋白的特异性抗体将RNA-蛋白质复合体沉淀之后，回收其中的RNA
MedSci原创 - CLIP-seq，miRNA - 2014-01-10
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