Front Immunol：强直性脊柱炎患者外周血单个核细胞的整合单细胞RNA-SEQ和ATAC-SEQ分析
强直性脊柱炎(AS)是一种免疫介导的脊柱关节病。该研究集中在T细胞如何参与AS的发病机制，这将丰富AS单细胞研究的数据，为理解AS的发病机制提供新的视角。
MedSci原创 - 强直性脊柱炎，整合单细胞RNA-SEQ，ATAC-SEQ - 2022-02-19
Nature子刊 | 多用途深度学习方法sciPENN，可预测、插补scRNA-seq、CITE-seq蛋白质表达
综上所述，研究团队开发了sciPENN深度学习模型，可以预测和估算蛋白质表达，集成多个CITE-seq数据集，量化预测和估算不确定性。
测序中国 - sciPENN，、插补scRNA-seq，CITE-seq蛋白质表达 - 2022-11-24
Nature子刊：多用途深度学习方法sciPENN，可预测、插补scRNA-seq、CITE-seq蛋白质表达
研究团队开发了sciPENN深度学习模型，可以预测和估算蛋白质表达，集成多个CITE-seq数据集，量化预测和估算不确定性。
测序中国 - 基因测序，深度学习 - 2022-11-24
SCI REP：利用 RNA-Seq 鉴别细菌和病毒感染
近日，国际杂志 《SCI REP》在线发表一项关于利用 RNA-Seq 鉴别细菌和病毒感染的研究。
MedSci原创 - 感染，细菌 - 2017-08-06
Science：开发出TT-Seq技术绘制人类瞬时转录组图谱
基因之间的序列长期以来被视为“垃圾DNA”，我们如今知道它们也发挥着至关重要的功能。这些DNA区域发生的突变能够严重地对人类发育造成损害，而且可能在生命后期导致严重疾病。然而，在此之前，调节性DNA序列一直很难发现。如今，在一项新的研究中，德国慕尼黑理工大学计算生物学教授Julien Gagneur团队和德国马克斯普朗克生物物理化学研究所教授Patrick Cramer团队如今开发出一种方法可
生物谷 - TT-Seq技术，人类瞬时转录 - 2016-06-04
Nature Biotechnology：突破细胞类型限制：NIS-Seq开启基因筛选新纪元
本文介绍核内原位测序（NIS-Seq）技术，包括其克服传统基因扰动筛选局限、原理、在多种细胞及人皮肤组织中的验证、应用于炎症通路等研究，探讨其优势、局限性与未来发展。
生物探索 - 基因组学，核内原位测序 - 2024-12-21
Nucleic Acids Res:Tn-Seq数据统计方法新进展
近期，Nucleic Acids Res中一篇文章指出，Tn-Seq数据统计方法有了新进展。Tn-Seq是一种通过对复杂的随机转座子插入库的构造，来探索基因功能的实验方法；通过使用新一代的测序技术，对每一个突变的度进行量化。识别基因的相互作用是Tn-Seq的一项新兴应用，这包含了在不同遗传背景下进行Tn突变库的比较（例如野生型菌株与敲除型的比较）。为了识别基因间的相互作用，提出几种Tn-Seq数据
MedSci原创 - Tn-Seq，量化，基因 - 2017-03-25
利用Perturb-Seq和CRISP-Seq大规模平行分析数以万计基因扰动
单细胞筛选：一种向导RNA（gRNA）文库---每个gRNA靶向一个独特的基因用于CRISPR干扰，并且携带一种独特的条形码序列---被导入一个细胞群体中，这个细胞群体的密度确保一个gRNA平均进入一个细胞中。单个细胞随后被分选到携带添加着独特条形码的polyT引物的液滴中，这些引物被用来提取细胞的mRNA。随后，对这些mRNA进行测序揭示出引入的基因突变（所引入的突变是由gRNA决
生物谷 - 基因扰动，CRISPR，Cas9，Perturb-Seq，CRISP-Seq，向导RNA，mRNA，条形码 - 2017-03-28
CLIP-seq—动物miRNA靶基因筛选新方法
CLIP-seq，即紫外交联免疫沉淀结合高通量测序(crosslinking-immunprecipitation and high-throughput sequencing),是一项在全基因组水平揭示
MedSci原创 - CLIP-seq，miRNA - 2014-01-10
基于RNA-Seq的长非编码RNA（lncRNA）预测
当前lncRNA研究主要采用高通量RNA-Seq测序技术，并通过生物信息学方法对测序数据进行处理和分析，以挖掘其中lncRNA的序列、结构、表达及功
生物化学与生物物理学进展 - RNA-Seq，长非编码RNA - 2014-01-03
甲基化DNA免疫共沉淀测序原理及简介（MeDIP-seq）
MeDIP-Seq（Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing）测序是基于抗体富集原理进行测序的全基因组甲基化检测技术，采用甲基化DNA免疫共沉淀技术研究人员可以利用MeDIP-Seq
MedSci原创 - 甲基化，免疫共沉淀 - 2014-02-05
RNA-seq方法原理、数据分析、数据库及工具全面介绍
bsp;- De novo assembly of short reads with robust error correction. An improvement on early versions of SSAKE. * Velvet - Velvet is a de novo genomic assembler specially designed for sho
MedSci原创 - RNA-Seq，数据，数据库 - 2014-01-04
RNA-seq技术揭示与前列腺癌有关的新型融合基因
973首席科学家第二军医大学上海长海医院孙颖浩教授运用RNA-seq技术首次对中国人前列腺癌及癌旁组织进行系统研究，发现新型融合基因、癌相关长链非编码RNA、异构体和点突变。研究
MedSci原创 - 前列腺癌，融合基因 - 2012-03-21
Genome Res：新的多重Digenome-seq工具让CRISPR-Cas9飞得更高
自从2013年1月首次用于基因组编辑以来，CRISPR-Cas9的知名度与日俱增。让它如此引人注目的原因在于它惊人的高效性和实用性；简而言之，它比较容易使用。去年，来自韩国基础科学研究所基因组工程中心的Jin-Soo Kim研究团队在Cell Stem Cell期刊上发表一篇标题为“Functional Correction of Large Factor VIII Gene Chromoso
MedSci原创 - CRISPR，工具 - 2016-02-06
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