Blood Cancer J：游离DNA染色体拷贝数变异可预测浆细胞骨髓瘤预后

游离DNA

浆细胞骨髓瘤 (plasma cell myeloma ，PCM) 患者治疗后的可测量残留病灶 (MRD) 检测与治疗结局相关，包括无进展生存期 (PFS) 和生存期，大多数 MRD 检测使用多参数流式细胞术 (MPFC)，但预测准确度不足，PFS的 C 统计量仅约为0.67，总生存期 (OS) 的 C 统计量仅约为0.76。新型MRD检测技术包括二代测序 (NGS) 和/或二代流式细胞术 (NGFC)，与 MPFC 相比灵敏度更高，但没有C 统计量的数据。且预测不准确性的来源包括灵敏度和/或特异性不足、不精密度和采样偏倚（由非均匀骨髓受累和/或髓外PCM引起），因此需要更准确的方法来预测 PFS 和OS。

使用游离DNA(cell-free DNA，cfDNA) 的液体活检是一种非侵入性技术，可用于诊断、评价和/或监测包括血液肿瘤在内的多种肿瘤。国内学者开发了一种超灵敏的染色体非整倍体检测仪（ultra-sensitive chromosome aneuploidy detector，UCAD），可通过cfDNA的低覆盖度全基因组测序（LC-WGS）来分析全基因组染色体不稳定性，并分析了68例新诊断PCM患者，发现治疗后cfDNA拷贝数变异（copy number variations，CNV）较基线的变化可增加新诊断PCM患者PFS和OS的预测准确性，研究结果近日发表于《Blood Cancer Journal》。

研究方法&结果

研究纳入上海长征医院一项前瞻性研究中接受治疗的68例新诊断PCM患者，使用LC-WGS检测和监测其242份纵向血浆cfDNA样本中的MRD，还比较了该技术与 NGFC 使用 EURO-flow 8 色双管方法进行 MRD 检测的准确度。根据IMWG标准评估诊断和缓解。患者诊断和进展时采集血液和骨髓样本，以确定染色体畸变情况。诱导治疗为硼替佐米为基础的方案，包括VRD或CBD，29例患者随后接受自体移植和移植后来那度胺联合或不联合硼替佐米治疗。收集基线 (T0)、诱导周期2、4、6结束和疾病进展时的血浆样本（图1A），移植受者在移植前即刻采集额外样本。

患者基线临床特征见表1。中位年龄为59岁。3例为Durie-Salmon(D-S) Ⅱ期、65例为Ⅲ期。12例为R-ISS I 期、52例为 II 期、4例为 III 期。18例有髓外病变，44例为高危细胞遗传学，定义为del(17p)、1q21 gain、t(4；14) 和/或t(14；16)。中位随访时间为47个月。

通过 UCAD 对拷贝数变异 (CNV) 做了全基因组概述。着丝粒上常识别出染色体断裂点（可导致染色体臂不平衡），而健康对照组未发现 CNV异常，最常见的 CNV频率递减为染色体1q、9、15、3、7、2、5q、8和21上的gain，包括 MYC(8q) 和 MCL1(1q) 位点。还发现13、14、12、1p、6、16、4、5q、20、8、10、22、17p、7和11号染色体上的丢失，包括DLC1(8p)、DKK2(4q)、PTEN(10q) 和TP53（17p1）位点。

59例患者在基线时有≥1个染色体异常 (|Z|≥3)，44例有≥2个异常，9例无异常。值得注意的是，在基线时有≥1个染色体异常的患者中，R-ISS III期或 II 期的频率显著高于无 CNV的患者 (P=0.04)）。基线CNV与性别、年龄、D-S分期、血清游离轻链 (sFLC) 比值、骨髓浆细胞百分比、髓外浆细胞瘤或重链型或轻链型无明显相关性。与无基线CNV患者（未达到中位PFS但均超过34个月）相比，基线CNV≥1个的患者的中位 PFS 为30个月（HR=10.03；P=0.005），相应的3年 OS 率为100%和78%（下图）。在多变量分析中，基线 CNV 与 PFS 之间无显著相关性。

接下来检测了治疗期间的 cfDNA 样本，发现染色体异常的下降与治疗反应相关（图1B，C）。

对于基线CNV≥1的59例患者，治疗后CNV较基线的变化情况可分为3类：(1)2个疗程后 CNV降低，随后进一步降低（队列1；N=27）；(2)2个疗程后 CNV降低，随后增加（队列2；N=25）；(3)2个疗程后 CNV无变化或增加，随后增加（队列3；N=7）；相应的 PFS 为43个月、31个月和7个月（P=0.001）；相应的 OS 为未达到但均超过45个月、未达到但均超过41个月和27个月（P=0.04）（下图）。

随后确定了治疗期间监测染色体谱对预后的影响。20例患者治疗后 cfDNA 样本中无CNV，指定为 CNV 阴性（不考虑基线值），另48例随访期间 cfDNA 标本CNV≥1个 (|Z|≥3)，定为 CNV 阳性。转为CNV 阴性的患者的中位 PFS 未达到但均超过46个月，而与保持或转为阳性患者为27个月（P=0.002；图1D），3年 OS 率为95%和75%（图1E）。PFS 的HR=3.42（P=0.006）。在多变量分析中，CNV检测阳性与死亡风险增加相关 (HR=7.21；P=0.06）。

27例患者的治疗后 MRD NGFC 检测结果呈阴性，同时检测时，10份为 cfDNA CNV 阴性，17份为阳性。NGFC 阴性患者的 PFS 显著延长（未达到但均超过43个月），而 NGFC 阳性患者为26个月（HR=2.87，P=0.003）。在 NGFC 阴性患者中，cfDNA CNV阴性患者的中位 PFS 未达到但均超过43个月，而阳性患者的中位 PFS 未达到但均超过35个月 (P=0.09)；NGFC阳性患者中，CNV 阳性患者的中位 PFS 为19个月，而CNV阴性患者未达到但均超过47个月（P=0.023；图1F）。相应的3年 OS 率，在两种检测均阴性的患者中为100%，在 NGFC 阴性但 cfDNA CNV 阳性的患者中为81%，在两种检测均阳性的患者中为65%（图1G）；NGFC 阴性、CNV 阳性患者与两种检测均为阴性的患者相比，HR为3.63(P=0.09)。在 NGFC 阴性患者中，cfDNA CNV阳性和阴性患者之间的基线协变量无显著差异。

总结

该研究纳入68例新诊断PCM患者进行纵向cfDNA-CNV和NGFC-MRD检测，发现染色体异常的下降与治疗反应相关。此外将基线CNV≥1的59例患者，按照治疗后CNV较基线的变化情况分为3类：2个疗程后 CNV降低，随后进一步降低；2个疗程后 CNV降低，随后增加；2个疗程后 CNV无变化或增加，随后增加；相应的 PFS 为43个月、31个月和7个月（P=0.001）相应的 OS 为未达到但均超过45个月、未达到但均超过41个月和27个月（P=0.04）。

该研究表明，治疗后cfDNA-CNV较基线水平的变化可增加新诊断 PCM 患者 PFS 和 OS 的预测准确性，并且比 NGFC 的 MRD 检测更准确。将血浆 cfDNA CNV 分析与 MRD 检测的标准方法相结合，可能有助于 PCM 的预后分析。如果得到进一步验证，该方法可能有助于治疗决策。

参考文献

Qiang W, et al.Cell-free DNA chromosome copy number variations predict outcomes in plasma cell myeloma.Blood Cancer J . 2023 Sep 5;13(1):136. doi: 10.1038/s41408-023-00904-9.