Nature：癌症研究正处于十字路口

自 20 世纪 70 年代发现第一个致癌基因以来，人们一直渴望列出所有会引发癌症的突变。每一个这样的突变都可能拓展我们对癌症病因的理解，进而推动癌症的治疗。现在，癌症研究正处于关键的十字路口，对此本期 Nature 杂志特别发表了编辑文章，展望了癌症基因组研究的未来。

上周，有 18400 人参加了在加州召开的美国癌症研究学会（AACR）年会。研究人员在会上展示，突变模式可以帮助人们追溯它们的成因，举例来说阳光留下的印迹就与致癌性病毒感染不同。另一个研究团队则罗列了晚期黑色素瘤患者体内的癌症相关突变，希望在此基础上调节免疫细胞以摧毁肿瘤。以 IDH2 蛋白为靶标的治疗策略也在会上公开了初步结果，该蛋白中的突变出现在多种不同的肿瘤类型中。

这样的成绩来自于研究者们的巨大努力。有十七个国家已通过国际癌症基因组协会（ ICGC ）资助了癌症基因组测序项目，该项目旨在测序超过25,000个癌症样本。而美国国家癌症研究所（NCI）的癌症基因组图谱计划（ TCGA ），是其中的一个重要部分。

TCGA 计划最初引起了不少争议，不少人甚至对其公布的早期结果幸灾乐祸，该结果指出癌症突变比人们预想的更大量更多变。不过随着这一计划真正开花结果，这些争议之声渐渐平息了下来。

现在 TCGA 逐渐放慢了脚步，已经于 2013 年 12 月停止了新组织样本的收集。同样， ICGC 实际上也停止了新提案的接收。 TCGA 希望在今年年底，完成对自己癌症样本的测序研究。在那之后，尽管一些团队会在接下来的两年内分析这些数据，不过整个计划将会终止。

一些癌症研究者主张这一计划应该继续下去。他们指出，鉴于还没有获得致癌突变的全面列表，现在叫停是不成熟的。今年早些时候发表的一项研究指出，列出至少在 2% 的癌症中出现的突变，至少需要研究五十种肿瘤类型，每种类型测序大约两千个肿瘤。对于绝大多数癌症来说，我们离这一目标还远得很。

乐观的看，这些旧项目的结束意味着癌症领域将迎来必要的转变。当 TCGA 和 ICGC 启动时，当时的技术只能对新鲜的肿瘤样本进行测序。这个问题限制了研究人员将测序数据与临床关联的能力，因为他们要在取样后很久才能获得测序信息。而且在那时医生们并未对患者肿瘤多次取样，导致无法研究治疗对肿瘤的影响，以及转移瘤与原发瘤之间的差异。

这些障碍现在已经完全不是问题。测序技术的发展允许研究者们测序甲醛处理和石蜡包埋的样本，这样就可以使用储存起来的样本，将测序结果与临床数据联系起来。一些临床试验也显示，许多患者愿意提交更多的样本用于研究。

为了代替 TCGA ，NCI打算对参与其临床试验的一些患者进行肿瘤测序，其他研究团队无疑也会这样做。这些尝试可以将致癌突变、患者对治疗的应答、以及患者预后联系起来，进一步为人们展示指定突变的重要性。

上述变化需要人们转换思维模式。临床上的组织样本捐赠表格将需要做出改变。而临床医生们的取样方案也需要改进，不仅要确保传统的病理学分析，还应考虑到测序的需要。另外，患者信息的数据安全性也需要保障。

TCGA 项目的终结将成为整个领域的一次重要契机。首当其冲的是，以往受到忽视的功能性研究。在癌症基因组项目中，更好的平衡突变检测和功能性研究的关系，将为研究界和癌症患者带来激动人心的新发现。

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