Nat Methods：新型工具改变科学家对蛋白质的传统认知
2015-02-02 佚名 生物谷
近日，一篇发表在国际杂志Nature Methods上的研究论文中，来自Garvan医学研究学院的研究人员表示他们如今已经可以使用公共的网络资源来简化收集3D蛋白质结构的流程，研究者表示，一种名为Aquaria的强大工具或在日后可以帮助改变他们对蛋白质的传统观点。 Aquaria是基于蛋白质数据库而建立的，其包含有大约10万种蛋白质结构，蛋白质数据库是一个让众多研究人员非常神往的资源数据库，
近日，一篇发表在国际杂志Nature Methods上的研究论文中，来自Garvan医学研究学院的研究人员表示他们如今已经可以使用公共的网络资源来简化收集3D蛋白质结构的流程，研究者表示，一种名为Aquaria的强大工具或在日后可以帮助改变他们对蛋白质的传统观点。
Aquaria是基于蛋白质数据库而建立的，其包含有大约10万种蛋白质结构，蛋白质数据库是一个让众多研究人员非常神往的资源数据库，但目前很少有研究人员可以对其进行很好地利用，本文中研究者开发Aquaria目的就是可以帮助开发更多的可让科学家们获取的有价值的信息，从而帮助其进行更多深入的研究和探索。
研究者表示他们所做的仅仅是众多有用信息中的一个层面而已，比如他们会将不同蛋白质的序列添加入数据库中以便查询和分析；Aquaria的开发为科学家们提供了一种快速简便的可用界面，其可以帮助用户浏览到额外的信息，比如不同3D蛋白质结构间的遗传差异等。比如研究人员可以加入单核苷酸多态性信息（SNP），其可以引发蛋白质结构的改变，随后研究者就可以清晰地分析出到底是哪些结构发生了改变，这为研究者们揭示蛋白质结构改变为何引发的功能改变的研究提供了一定的帮助。
研究者说道，你可以问一些很有意思的问题，比如如何在3D模式下进行SNPs集群的设定？那么这一类问题的答案就设定了一些新的研究方向；Aquaria工具对于生命科学研究者乃至医药研究人员都具有非常广泛的意义和价值，其灵活性和可伸展性可以提供一些信息，来以多种途径新型快速结合，对于很多科学家而言就是输入其感兴趣的蛋白质名称，随后就可以“驰骋”在该蛋白质相关研究的海洋中了。
原创出处
O'Donoghue SI1, Sabir KS2, Kalemanov M3, Stolte C4, Wellmann B3, Ho V5, Roos M3, Perdigão N6, Buske FA7, Heinrich J4, Rost B3, Schafferhans A3.Aquaria: simplifying discovery and insight from protein structures.Nat Methods. 2015 Jan 29
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