Nature Genetics | DeepLoop:利用低深度Hi-C数据绘制人类基因组等位基因特异性染色质互作图谱
研究团队开发了DeepLoop,执行严格的偏差校正,通过基于深度学习的信号增强,从低深度Hi-C数据中实现稳健的染色质相互作用映射。
测序中国 - 等位基因,基因图谱,低深度Hi-C数据 - 2022-08-09
Science: 利用HI-C 3D基因组组装虫媒基因组
研究人员Hi-C数据与现有的草稿组合进行组合,以生成染色体长度的scaffold。并且通过组装人类基因组(从头到尾)从单纯阅读(67X覆盖)来验证这种方法。
MedSci原创 - HI-C,3D基因组 - 2017-04-16
Nat Commun:结合HiFi、Hi-C技术优势的新算法pstools,可高效、准确重建癌症染色体单倍型基因组
该研究将高分辨率测序技术应用于COLO829癌症系,并开发了一种快速、准确的计算方法pstools。
测序中国 - 癌症染色体单倍型基因组,pstools - 2023-05-06
NBT:任兵团队开发新型高通量单细胞染色质构象分析技术Droplet Hi-C,填补异质组织染色质分析的关键空白
研究团队介绍了一种高度可扩展的、基于液滴的单细胞Hi-C方法——Droplet Hi-C,它可使用商业微流体装置在液滴中进行高通量单细胞染色质构象分析。
测序中国 - 高通量单细胞染色质构象分析,Droplet Hi-C - 2024-11-05
Int J Cardiol:16万国人血脂异常新数据!五分之一HDL-C低,13%甘油三酯高
近期,中国疾病预防控制中心(CDC)Zhang M等就2013~2014年全国16万余成年居民的血脂异常情况进行了调查分析,结果不容乐观。
中国循环杂志 - 血脂异常,统计数据,进展 - 2018-05-09
Genome Biol:科学家提出提高癌症诊断准确性的新方法
经常在癌细胞中观察到基因组结构的大规模变化。英国剑桥巴布拉姆研究所的科学家们发现了一种检测这些变化的方法,可以增强癌症诊断并帮助使用靶向治疗。
来宝网 - 癌症,基因,诊断 - 2017-07-05
Genome Biology:科学家提出提高癌症诊断准确性的新方法!
经常在癌细胞中观察到基因组结构的大规模变化。英国剑桥巴布拉姆研究所的科学家们发现了一种检测这些变化的方法,可以增强癌症诊断并帮助使用靶向治疗。
来宝网 - 基因组,癌症,诊断 - 2017-07-05
Cell:新技术揭开基因远距离调控与疾病关系
11月18日Cell上的一篇文章用启动子捕获Hi-C技术分析基因和距离遥远的序列之间的相互作用。研究结果能够解释大量遗传数据的生物学意义,将DNA序列的微小变化和疾病风险连接起来。利用Babraham研究所开创性的技术,研究结果能够解释大量遗传数据的生物学意义,将DNA序列的微小变化和疾病风险连接起来。发现这些未知
生物探索 - 基因远距离调控,疾病,关系 - 2016-11-22
Nature子刊:谭济民/夏波等开发基因组构象预测模型C.Origami及高通量计算遗传筛选新方法
未来的基因组学研究将更多的转向使用利用深度学习模型作为工具来进行主要计算遗传筛选,并辅以生物实验验证的新一代高通量研究方法。
生物世界 - C.Origami,基因组构象 - 2023-01-11
Cell:解锁人类早期胚胎发育之谜
12 月 5 日,《自然》杂志刊发了中国科学院北京基因组所研究员刘江团队与中国科学院院士、山东大学附属生殖医院教授陈子江团队合作成果。该研究首次揭示了人类早期胚胎中的染色体三维结构的动态变化,并发现 CTCF 蛋白对于早期胚胎发育中拓扑相关结构域(TAD 结构)有着重要的调控功能,为进一步揭示人类胚胎发育机制提供了理论基础。
中国科学报 - 胚胎 - 2019-12-06
Nat Commun:新研究确认110个基因与乳腺癌风险相关
乳腺癌是女性最高发的癌症,预估风险对提高乳腺癌患者的存活率关系重大。英国研究人员最近通过一种新的测序技术发现了110个与乳腺癌风险有关的基因,可望为通过基因检测来预估乳腺癌风险铺平道路。
新华社 - 乳腺癌,Capture,HI-C,患病风险 - 2018-03-19
Nature:3D图像首次揭示细胞中DNA的折叠特征
在最近一项研究中,科学家们首次通过模拟哺乳动物单个细胞基因组的物理结构,给我们展示了关于DNA在细胞中包装的独特视角。通过这项新的技术,科学家们能够理解细胞中染色体的组合方式,以及决定细胞活化或者不活化的分子基础。目前该技术仅仅在小鼠的细胞上进行了试验,不过它能够清楚地帮助我们理解动物生长发育的
生物谷 - DNA,基因组,3D,成像 - 2017-03-21
Nat Commun:前列腺癌转录组与疾病风险的相关性阐释了新的机制
最近,有研究人员训练了前列腺组织基因表达顺式调控模型,并对来源于2个大群体的233955名欧洲血统的男性(14616前列腺癌(PrCa)案例,219939例对照)的全基因组转录数据进行了分析。
MedSci原创 - 前列腺癌,转录组,新机制 - 2019-07-25
Nature Genetics:整合三种方法,癌症突变研究新时代
宾州大学的研究人员开发出了一种可以更全面地了解癌症的新方法,这种确定癌症突变的新方法有助于研发更有针对性的治疗方案。
生物通 - 癌细胞,结构变异,突变 - 2018-09-14
Nat Commun:李昊等开发人工智能计算方法CGMega解析癌症基因模块
细胞活动依赖多基因协同互作,针对癌症基因模块识别挑战,研究团队提出CGMega计算框架,进行性能测试和策略探索,为多组学数据处理和癌症基因研究提供新途径。
测序中国 - 组学数据,多基因协同互作,癌症基因模块,计算框架 - 2024-07-21
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