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CELLULAR ONCOLOGY：<font color="red">高</font><font color="red">plex</font><font color="red">空间</font><font color="red">转录</font>组分析揭示了不匹配修复缺陷子宫内膜癌的理化性质

CELLULAR ONCOLOGY：高plex空间转录组分析揭示了不匹配修复缺陷子宫内膜癌的理化性质

本研究证实了MMRd-ECs中的异质TME状态，并表明这些EC可以根据病理环境中的潜在生物标志物（如HLA I类、DNMT3A和CD8）进行分层，以提高该子集患者的ICI治疗效果。

MedSci原创 - 高plex空间转录组，不匹配修复缺陷子宫内膜癌 - 2023-10-24

<font color="red">空间</font><font color="red">转录</font><font color="red">组</font>学方法EEL FISH：可实现<font color="red">高</font>复用、高<font color="red">空间</font>通量和高分辨的原位单细胞分析

空间转录组学方法EEL FISH：可实现高复用、高空间通量和高分辨的原位单细胞分析

大脑是一个高度结构化的器官，包含多种细胞类型，具有复杂的空间模式组织。目前研究分析这些不同细胞类型之间的组织和空间关系仍具有挑战性。

测序中国 - 空间转录组学方法，高空间通量，高分辨的原位单细胞分析 - 2022-11-13

Nat Biotechnol发表新<font color="red">空间</font><font color="red">组</font>学方法，同步实现<font color="red">转录</font><font color="red">组</font>和代谢<font color="red">组</font>的<font color="red">空间</font>多模态精确分析

Nat Biotechnol发表新空间组学方法，同步实现转录组和代谢组的空间多模态精确分析

研究团队证明了在单个组织切片中结合SRT和MALDI-MSI并保留两种模式的特异性和敏感性的可能性，并在多巴胺和帕金森病条件下的小鼠和人类大脑样本中证明了该方法的潜力。

测序中国 - 空间多模态精确分析 - 2023-10-03

Nature Methods：新算法利用<font color="red">空间</font><font color="red">转录</font><font color="red">组</font>数据构建肿瘤的“<font color="red">空间</font>进化图谱”

Nature Methods：新算法利用空间转录组数据构建肿瘤的“空间进化图谱”

癌症进展受多种因素驱动，研究推出 “CalicoST” 算法，可从空间转录组学数据推断相关 CNAs 并重建肿瘤进化轨迹，经验证优势明显，可为肿瘤研究提供助力。

测序中国 - 肿瘤，空间转录组学 - 2024-11-17

Nucleic Acids Res：<font color="red">空间</font><font color="red">转录</font><font color="red">组</font>学数据挖掘新算法——DeepST

Nucleic Acids Res：空间转录组学数据挖掘新算法——DeepST

研究团队研发了基于深度学习的空间域识别技术（DeepST）。DeepST使用预先训练好的深度神经网络模型从组织形态学信息（H&E染色图片）中提取图像特征，然后将提取的特征与基因表达和空间位置数据集成，

测序中国 - 数据挖掘，算法，空间转录组学 - 2022-10-24

Nat Commun：<font color="red">空间</font><font color="red">转录</font><font color="red">组</font>学和单细胞多组学整合分析构建人类胸腺细胞发育<font color="red">空间</font>图谱

Nat Commun：空间转录组学和单细胞多组学整合分析构建人类胸腺细胞发育空间图谱

研究团队开发了TSO-his（组织结构的转录组学分割）工具，用于整合单细胞和空间转录组学的多模态数据，并破译人类胸腺的复杂结构。

测序中国 - 胸腺，空间转录组学，空间图谱 - 2024-10-14

Nat Methods：基于测序的11种<font color="red">空间</font><font color="red">转录</font><font color="red">组</font>学方法的系统比较

Nat Methods：基于测序的11种空间转录组学方法的系统比较

研究团队选择了一系列具有明确定义的组织结构特征的组织作为参考，使用其生成数据比较了11种sST方法。

测序中国 - 单细胞转录组测序，空间转录组技术 - 2024-08-03

Nat Methods：结合微阵列和NGS的可扩展<font color="red">空间</font><font color="red">转录</font><font color="red">组</font>学方法Array-seq，突破<font color="red">空间</font>分析界限

Nat Methods：结合微阵列和NGS的可扩展空间转录组学方法Array-seq，突破空间分析界限

本文报道了新开发的空间转录组方法Array-seq，其能够将经典的寡核苷酸微阵列重新应用到空间转录组学分析。

测序中国 - 空间转录组学，Array-seq - 2024-12-22

Nature子刊 | 范骁辉/陈华钧/<font color="red">高</font>月团队开发<font color="red">空间</font>解卷积算法Bulk2Space，将Bulk<font color="red">转录</font><font color="red">组</font>重构至单细胞<font color="red">空间</font>分辨率

Nature子刊 | 范骁辉/陈华钧/高月团队开发空间解卷积算法Bulk2Space，将Bulk转录组重构至单细胞空间分辨率

Bulk2Space具有很好的生物学和临床应用前景，包括揭示细胞的空间特异性变异，发现新基因的空间表达模式，实现更精细的细胞聚类，预测分子疾病进展的潜在机制等。

测序中国 - Bulk2Space，Bulk转录组，单细胞空间分辨率 - 2022-11-26

Nature子刊：范骁辉/陈华钧/<font color="red">高</font>月团队开发<font color="red">空间</font>解卷积算法Bulk2Space，将Bulk<font color="red">转录</font><font color="red">组</font>重构至单细胞<font color="red">空间</font>分辨率

Nature子刊：范骁辉/陈华钧/高月团队开发空间解卷积算法Bulk2Space，将Bulk转录组重构至单细胞空间分辨率

与RCTD、SpatialDWLS、stereoscope和SPOTlight等传统空间解卷积算法不同，Bulk2Space可以基于批量RNA-seq生成空间分辨的单细胞转录组学数据。

测序中国 - 单细胞，空间分辨率 - 2022-11-24

NBT：上海交通大学杨朝勇/吴玲玲/宋佳/郑军华开发新的方法，实现<font color="red">高</font>灵敏<font color="red">空间</font><font color="red">转录</font><font color="red">组</font>学测序

NBT：上海交通大学杨朝勇/吴玲玲/宋佳/郑军华开发新的方法，实现高灵敏空间转录组学测序

该研究报道了一种用于空间RNA测序(Decoder-seq)的树状细胞DNA坐标条形码设计，该设计具有高灵敏度和高分辨率。

iNature - 测序，空间转录组学 - 2024-01-18

Science：利用<font color="red">空间</font><font color="red">转录</font><font color="red">组</font>学技术可视化观察组织中的基因表达

Science：利用空间转录组学技术可视化观察组织中的基因表达

在一项新的研究中，来自瑞典卡罗琳斯卡研究所和皇家理工学院等机构的研究人员开发出一种新的被称作空间转录组学（spatial transcriptomics）的高分辨率方法研究一种组织中哪些基因是有活性的

生物谷 Bioon.co - 转化医学，转录，RNA - 2016-07-04

Nature：<font color="red">空间</font><font color="red">转录</font><font color="red">组</font>学开辟记忆编码新视角：长期恐惧记忆的分子地图

Nature：空间转录组学开辟记忆编码新视角：长期恐惧记忆的分子地图

研究员通过高分辨率的空间和单细胞转录组学分析，研究者能够在分子和细胞层面上阐明BLA在长期记忆中的作用。

生物探索 - 长期记忆，BLA，空间转录组学 - 2024-02-13

ATVB：了解冠状动脉粥样硬化斑块稳定性的<font color="red">空间</font><font color="red">转录</font><font color="red">组</font>学方法

ATVB：了解冠状动脉粥样硬化斑块稳定性的空间转录组学方法

本研究不仅推动了我们对冠状动脉粥样硬化斑块稳定性机制的认识，还为未来开发针对性治疗提供了有力支持。通过更好地理解这些复杂的生物学过程，我们将能够制定更为有效的策略，以应对冠心病这一全球性健康挑战。

MedSci原创 - 冠状动脉粥样硬化性心脏病 - 2024-09-10

Nat Commun：基于单细胞和<font color="red">空间</font><font color="red">转录</font><font color="red">组</font>学分析构建NSCLC免疫和非免疫区图谱

Nat Commun：基于单细胞和空间转录组学分析构建NSCLC免疫和非免疫区图谱

研究团队将来自25名未接受治疗LUAD或LUSC患者的近90万个细胞的scRNAseq数据和其中8名患者的空间转录组学数据结合起来，系统研究了肿瘤和邻近非肿瘤组织中细胞组织的差异。

测序中国 - NSCLC，肺癌，空间转录组学 - 2024-06-18

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