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BA.2.75:第二代奥密克戎问世!又一个王炸诞生?

2022-07-04 MedSci原创 MedSci原创

奥密克戎从去年底BA.1开始,快速突变和演化,从BA.1到BA.2的全球大流行,很快BA.2.12.1占住优势,袭卷全球,并对BA.1完全免疫逃逸(即感染过BA.1的人,对BA.2.12.1几乎没有免

奥密克戎从去年底BA.1开始,快速突变和演化,从BA.1到BA.2的全球大流行,很快BA.2.12.1占住优势,袭卷全球,并对BA.1完全免疫逃逸(即感染过BA.1的人,对BA.2.12.1几乎没有免疫作用)。现在欧美BA.5又占住上风(见:BA.5:奥密克戎竞争中的新王者?),上周在美国BA.4/5就占住所有新感染的人数一半,快速替代原本占优的BA.2.12.1,尤其是BA.5,它具有更强的免疫逃逸能力,以及侵袭能力,似乎有望很快成为新一代王者(见:奥密克戎BA.4和BA.5毒株已占全美感染52.3%,成美国主导毒株)。

然而,在世界仍然为BA.5担忧时,在印度发现了一种新的冠状病毒变种 BA.2.75悄然出现,它一出现就引发全世界的关注!与BA.2.12.1和BA.5相比,它对ACE2的结合能力更强(意味着有更强的感染和传播能力),而且免疫逃逸能力较BA.5更为强大,从某种程度上,它应该是第二代奥密克戎!

根据基因组数据开源平台 Nextstrain 上传的数据,到目前为止,在印度,大约10个州检测到 23 个 BA.2.75 变体样本。根据 Nextstrain 的数据,在全球范围内,在澳大利亚、德国、加拿大和新西兰等8个国家检测到了大约 85个变体样本。

来自世界许多地方的独立科学家已经在各种在线平台上标记了 BA.2.75,指出这种变体的刺突蛋白上不同突变的积累令人担忧。新德里科学与工业研究所基因组学和综合生物学研究所 (CSIR-IGIB) 的科学家 Lipi Thukral认为:“这个谱系可能需要紧急关注,因为大多数突变都是独一无二的,而且它的物理化学性质也发生了很大变化。”Thukral 解释说,冠状病毒或 SARS-CoV-2 的关键界面上有九种突变,其中包括刺突蛋白 N 端结构域的五种变化。 N-末端结构域在病毒将自身附着到宿主细胞中起重要作用,并且是中和抗体的有价值的靶标。同时,受体结合域区域有四个突变,它们与宿主中的 ACE2 受体相互作用。

除了 Omicron 变体中已经存在的突变之外,BA.2.75 变体还包括刺突蛋白中的新突变。刺突蛋白是在新型冠状病毒外表面上看到的突起。特别值得关注的是突变“G446S”和“R493Q”,这两种突变都与刺突蛋白的蛋白质结构发生显着变化有关,有可能使该变体具有逃避几种抗体的能力。因此,预计该变种会感染已接种疫苗或先前已被感染的人群。

G446S 是目前仍能中和 BA.2 的疫苗引发的抗体最有效的逃逸位点之一。因此,对于疫苗或早期感染的免疫力,G446S 将极大减少抗体的中和作用。然而,G446S 对先前有 BA.1 突破性感染的人的抗体影响较小。因此,BA.2.75 相对于 BA.2 的抗原优势在未接触过 BA.1 的人中最为明显,这意味着对于当前的疫苗,BA.2.75 将具有类似于 BA.4/5 的抗体逃逸。另一方面,R493Q 突变似乎增加了病毒附着在 ACE2 上的能力,ACE2 是 Covid-19 病毒用来进入细胞的蛋白质。

然而,由于监测不足,目前缺乏有关这种特定变体的感染传播速度的数据。目前也没有足够的数据来确定该变体是否有可能导致严重感染。

Sheba 医学中心中央病毒学实验室的 Shay Fleishon 博士说,迄今为止,来自八个国家的 85 个序列已上传到基因组数据的开源平台 Nextstrain。最近几个月,出现了基于 Omicron 亚谱系的第二代变体的趋势,即 BA.1、BA.2、BA.3、BA.4 和 BA.5。这是基于在刺突蛋白的 S1 部分发生突变的 Omicron 谱系,特别是在病毒用来连接和进入细胞的刺突蛋白部分。

Fleishon认为,到目前为止,这些第二代变体仅在一个地区的少数情况下被发现,但很少能成功。这是 Omicron 的第二代变体首次传播到多个地区。

伦敦帝国理工学院的科学家 Thomas Peacock 在 Twitter 上说,这个子变体值得“密切关注”。

但根据在各个论坛上讨论 BA.2.75 的科学家的说法,该变体不太可能引起严重感染,因为 G446S 也能更好地被疫苗诱导的 T 细胞识别——一种有助于识别和识别针对体内的病原体。

如果把BA.5与之相比,突变谱如下:

如果把整个Omicron谱系比较,则如下:

很多行业大牛都相信这一点,BA.2.75会超越BA.5,成为新的优势病毒株。

 

当然,BA.2.75能否成为真正的王者,可能还需要1个月左右时间。这在一个月内,BA.5几乎横扫全球。

这也意味着,梅斯医学认为,Omicron时代可能有以下一些特点:

1 Omicron可能是新冠病毒的终极形态,但是持续突变,会出现不断的亚突变体,目前仍然处于不断优化选择,仍然是一个新的突变会完全取代老的突变株。BA.2.75可能仍然不是Omicron终极形态,还会继续突变。不过,将来还会衍生出多个突变类型共存。就象现在的流感一样,至少4个血清型反复,交叉流行。FDA建议推出针对性疫苗,未来大概率也象今天的流感一样,每年可能有不一样的疫苗(FDA三年来首次建议推针对奥密克戎BA.4或BA.5亚变体疫苗,厂家认为要到10月份

2 不同的突变株,其传染性是相似的(都具有极高的R0,否则将无法生存),但是,其毒力可能各不相同,有些以上呼吸道感染为主,有些则侵染下呼吸道。

3 以目前的节奏,几乎每2个月左右就有一种优势突变株的出现(从去年11月到现在约8个月时间,出现BA.1, BA.2, BA.12.1, BA.4/5这4种),在今年大概率还是如此。但是,随着突变的深入,其传染性和免疫逃逸也存在极限的。会在某个时间段到达突变极限,出现多种亚株共存,那时,将可能是新冠病毒的终极形态,成为地方流行病,可能每一段时间是一种新的亚型为主。

4 虽然,病毒持续突变,但是感染或疫苗仍然具有一定的保护作用,新一代疫苗也正在研发中。因此,在人体、疫苗与病毒的竞争(疫苗也会导致病毒的进化),会达到相对平衡状态,人体与病毒出现相对适应,病毒将不再是大的危害。

参考资料:

https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues

https://www.coronaheadsup.com/science/variants/omicron/ba-2-75/omicron-ba-2-75-a-potential-successor-to-ba-5/

https://www.dtnext.in/topic/omicron-ba275

 

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    2022-07-04 小小医者

    #奥密克戎#梅斯医学总能提供如此超前的信息!!太厉害了

    0

  2. [GetPortalCommentsPageByObjectIdResponse(id=1230402, encodeId=c7261230402c6, content=<a href='/topic/show?id=8a4e10443423' target=_blank style='color:#2F92EE;'>#奥密克戎#</a>梅斯医学总能提供如此超前的信息!!太厉害了, beContent=null, objectType=article, channel=null, level=null, likeNumber=138, replyNumber=0, topicName=null, topicId=null, topicList=[TopicDto(id=104434, encryptionId=8a4e10443423, topicName=奥密克戎)], attachment=null, authenticateStatus=null, createdAvatar=https://img.medsci.cn/Random/55971dc507c93968175ce7cc1e177b372a83869f.jpg, createdBy=f63e4754896, createdName=小小医者, createdTime=Mon Jul 04 08:38:25 CST 2022, time=2022-07-04, status=1, ipAttribution=), GetPortalCommentsPageByObjectIdResponse(id=1230392, encodeId=d277123039265, content=人毒赛跑。, beContent=null, objectType=article, channel=null, level=null, likeNumber=121, replyNumber=0, topicName=null, topicId=null, topicList=[], attachment=null, authenticateStatus=null, createdAvatar=https://img.medsci.cn/20210703/9c448fe1b3b54fd7bc9477662f4861bb/4bdadad22bfd46f2921aabb4c40265d3.jpg, createdBy=a8d81938466, createdName=weigq, createdTime=Mon Jul 04 06:56:05 CST 2022, time=2022-07-04, status=1, ipAttribution=)]
    2022-07-04 weigq

    人毒赛跑。

    0

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