Cell Host ＆ Microbe综述：人类肠道病毒基因组的研究进展与挑战

众所周知，人类肠道中共生者大量的微生物，其中最为大家熟知的是“肠道菌群”，除了肠道菌群外，人类肠道中同样还存在着大量的病毒。人类每克粪便中约有108 - 109个病毒样颗粒（virus like particles，VLPs）。2003年 Breitbart 等首次使用鸟枪法检测并发现了肠道中约有1200种病毒，2021年 Cell 报道人体肠道内鉴定出的病毒超过14万种。人体肠道病毒组成复杂，包括真核病毒、原核病毒和内源性病毒，其中90%以上为原核病毒，即噬菌体（Phage）。

肠道病毒（Enterovirus）主要有脊髓灰质炎病毒、埃可病毒、柯萨奇病毒、鼻病毒及新型肠道病毒，可引发发热、手足口病、新生儿败血症、脑膜炎、心肌炎、急性出血性结膜炎和呼吸系统疾病等多种临床症状，严重患者甚至导致终身残疾乃至致死。近十年，多种非脊髓灰质炎肠道病毒在世界范围内爆发流行，加之肠道病毒变异重组快、传播能力强，已经成为全球公共卫生安全领域非常棘手的难题。

肠道病毒颗粒为正二十面体立体对称的无包膜球形结构，其基因组为单股正链RNA。肠道病毒的基因组由单一开放阅读框（open reading frame，ORF）及两侧5'和3'非编码区（UTR）组成。肠道病毒RNA仅有的开放阅读框负责编码病毒全长多聚蛋白，后经过病毒蛋白酶2A、3C、3D加工处理产生病毒的4个结构蛋白（VP1、VP2、VP3、VP4）和7个非结构蛋白（2A、2B、2C、3A、3B、3C、3D）。

人类肠道病毒群，通常被称为肠道微生物群的“暗物质”，仍然没有得到充分的研究。了解肠道病毒组成及变异有助于疾病治疗。

在这篇综述中，研究人员总结常用的人类肠道病毒组数据库，提出了“最佳实践”的病毒种群分类方法。

肠道病毒作为在人类广泛流行的病毒之一，不同家族不同血清型在不同国家地区存在差异。一种病毒在某地大规模流行，接种疫苗后会导致该血清型被控制，但会出现另外一种或几种血清型。比如在EV71疫苗出现后，我国EV71感染人数减少，但CVA10、CVA6、埃可病毒等增加。

面对种类如此繁多、机制如此复杂的肠道病毒，我们该怎么进行研究呢？实验室有哪些检测技术呢？

为此，义翘神州特邀请中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所孙强博士对人肠道病毒病进行系统讲解，并对肠道病毒结构、基因、传播方式和致病特点，以及我国手足口病相关研究进展进行分享。孙强博士还将重点介绍肠道病毒的实验室诊断技术，以便我们能够准确诊断病毒疾病，指定相关的治疗和预防策略。

孙强博士先后在中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所病原生物学专业获得硕士学位，中国科学院遗传与发育生物学研究所神经生物学专业获得博士学位，并在中山大学公共卫生学院（深圳）病原生物学专业进行公共卫生与预防医学博士后工作，现为中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所助理研究员。以第一作者或共同第一作者身份参与发表了 Journal of Virology、Emerging Microbes ＆ Infections、Frontiers in Microbiology 等十几篇 SCI 论文。

原始出处：

Junhua Li， et al. Advances and challenges in cataloging the human gut virome. Cell Host & Microbe， 2022.