云南省陇川县本土新冠疫情溯源和病毒基因组变异解析

2022-08-25 云南省疾病预防控制中心病毒学报

2021年7月14日，云南省陇川县报告了新型冠状病毒肺炎（COVID-19）本土疫情。为了阐明本次德宏州陇川县本土疫情的感染来源和SARS-CoV-2变异情况，我们收集疫情期间采集的9例陇川疫情本土病

中文标题：

发布机构：

云南省疾病预防控制中心

发布日期：

2022-08-25

简要介绍：

2021年7月14日，云南省陇川县报告了新型冠状病毒肺炎（COVID-19）本土疫情。为了阐明本次德宏州陇川县本土疫情的感染来源和SARS-CoV-2变异情况，我们收集疫情期间采集的9例陇川疫情本土病例和2例陇川境外病例标本进行新冠病毒全基因组测序。通过一系列比较基因组学分析，发现9例陇川疫情本土病例和2例陇川境外病例病毒株基因组序列高度同源，均属Delta变异株（B.1.617.2进化分支），在系统发育树上单独成簇，为同一传播链。9例陇川疫情本土病例和2例境外病例病毒株基因组序列共享38个SNP突变位点和13个缺失。9例本土病例中的4例病毒株均额外增加了1个共享的SNP突变位点，其中2例本土病例病毒株新产生9个核苷酸缺失。这些病毒株S蛋白均发现L452R、T478K、P681R等可能影响病毒传播和免疫逃逸能力的关键性变异位点。该研究表明本次陇川疫情的暴发与发病前14天内德宏州陆路口岸输入病例以及瑞丽2021年7月14日疫情本土病例并无关联性，提示病毒传染源可能来自境外人员。因此，应持续加强边境从业人员和抵边村寨边民的病毒核酸检测以及本土/输入病例基因组变异规律的深入挖掘和监测。

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