Cell:革命性单细胞研究工具CellHint,可自动化整合多种人类单细胞图谱数据集
研究团队报道了最新开发的变革性工具—CellHint,这是一种基于预测聚类树(PCT)的工具,可解决数据集之间在注释分辨率和技术偏差方面的细胞类型差异。
测序中国 - CellHint,单细胞图谱 - 2024-01-25
Nature Methods:数据共享与更新:单细胞图谱如何‘活’起来?
本文介绍单细胞测序技术发展背景下构建单细胞参考图谱的重要性,阐述构建图谱的关键步骤(包括目标明确、数据挑选与把控等)、克服批次效应的方法,以及图谱在医学研究、共享更新等方面的作用与意义。
生物探索 - 单细胞测序技术,单细胞参考图谱 - 2024-12-18
人类皮肤细胞图谱和单细胞数据标准化的路线图
作为人类细胞图谱项目的一部分,我们组装了一个皮肤生物网络,以建立一个共识的人类皮肤细胞图谱,并勾勒出实现这一目标的路线图。
J Invest Dermatol - 皮肤细胞图谱 - 2024-07-29
NAR:世界上首个基于荧光图像数据的单细胞多组学数据库——iSMOD
研究提供了一种统一多组学数据和技术的先进研究方法,开发了世界上首个基于图像的单细胞多组学数据库的综合浏览器——iSMOD。
测序中国 - 单细胞多组学数据库,iSMOD - 2023-07-16
Nat Neurosci: fMOST助力构建全球单细胞投射组学数据库
单细胞投射组学结果表明这些投射神经元具有64个亚型(IT具有44个亚型,PT具有12个亚型,CT具有8个亚型)。
“神经周K”公众号 - fMOST,单细胞投射 - 2022-09-14
Cell子刊|曾湘祥团队发布单细胞测序数据工具箱——autoCell
该研究提出了一种用于scRNA-seq数据特征提取和缺失插补的深度模型autoCell。autoCell的关键创新是使用GMM来估计数据的潜在特征分布。
测序中国 - 创新,scRNA-seq数据特征,autoCell - 2023-01-11
Nat Genet:基于健康单细胞参考图谱准确识别scRNA-seq数据中疾病相关细胞状态
研究团队评估了单细胞参考图谱的选择如何影响从疾病样本scRNA-seq数据中识别细胞状态变化。
测序中国 - scRNA-Seq,单细胞参考图谱 - 2023-11-17
Nat Commun:图谱级单细胞数据高效整合算法“scMerge2”,实现跨样本、跨条件分析
研究团队推出了一种名为scMerge2的可扩展算法,能够对图谱规模多样本、多条件单细胞研究进行数据整合,以帮助人们了解不同条件下细胞的生物学特性。
测序中国 - 单细胞数据,scMerge2 - 2023-08-15
AJHG:哈医大邵婷婷/徐娟团队构建人类癌症单细胞变异图谱数据库:CanCellVar
报道了CanCellVar数据库,旨在提供和可视化肿瘤微环境中单细胞变异的综合图谱。
测序中国 - 癌症,肿瘤微环境,图谱,CanCellVar - 2024-07-12
Genome Biology:scIBD:识别单细胞染色质开放性测序数据中异质双联体细胞的新工具
厦门大学王颖、南开大学陈盛泉课题组联合开发了一个对不同单细胞染色质开放性测序数据,进行异质双联体细胞有效识别并去除的新工具。
测序中国 - 单细胞染色质,双联体细胞 - 2023-11-08
单细胞测序的方法和应用
单细胞测序的应用过去二十几年里,随着基因测序技术水平的提高以及千人基因组计划、癌症基因组计划、Meta-Hit计划等重大国际合作项目的相继开展,基因组研究日渐被 推向高潮。然而,迄今为止使用的测序材料无一例外都是数百万甚至更多细胞的混合DNA样本。这种方法能够得到全基因组序列信息,但是对其进行研究得到的结 果只是一群细胞中信号的平均值,或者只代表其中占优势数量的细胞信息,单个细胞独有的特性
MedSci原创 - 单细胞测序 - 2014-04-06
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